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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
AFP	174	Alpha-fetoprotein	4	FETA; HPAFP

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
20812987	2010	Cell line : - Source : Nanfang Hospital tumour tissue bank. Sample Type : CRC tumor and Normal tissue No. of Sample : 150 Stage : -	2-D Gelelectrophoresis, and mass spectrometry,Western blotting,Immunohistochemistry	Down-regulation	-	This gene differentially expressed in between normal colorectal tissue and colorectal cancer tissue

Gene Details

Chromosome: 4; NC_000004.11 (74301933..74321492)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	-
Description	This gene encodes alpha-fetoprotein, a major plasma protein produced by the yolk sac and the liver during fetal life. Alpha-fetoprotein expression in adults is often associated with hepatoma or teratoma. However, hereditary persistance of alpha-fetoprotein may also be found in individuals with no obvious pathology. The protein is thought to be the fetal counterpart of serum albumin, and the alpha-fetoprotein and albumin genes are present in tandem in the same transcriptional orientation on chromosome 4. Alpha-fetoprotein is found in monomeric as well as dimeric and trimeric forms, and binds copper, nickel, fatty acids and bilirubin. The level of alpha-fetoprotein in amniotic fluid is used to measure renal loss of protein to screen for spina bifida and anencephaly. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Chromosome	4
Location	4q13.3
Start	73423104
End	73455785
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815594:73423104-73455785 Homo sapiens chromosome 4, GRCh38.p2 Primary Assembly ACACGACCTCTTCCCCAATAACCTATGGAAATTAAAAAATTTTAAAAAATAAAATAGCTAGTAATATTAC AAAACACCCATATGATGCAATGTTATACCATCACTCAATAGCATTTTCAGGGCCATTTGTCCTGTAGGTG TTAAATTTATTAAATACTTATTATATGCCAAAATGTAAAACATGGCTTTTCTTTACTATTCAGACACTAT AAGAAATTTTGAGGAACAAAGGAGATAGAGATGATGATAAGTGTGGTTGACAGAATTGGGGGAAAAAAGT GATCTTAGAAGAAATTTAAGACAGTTTAGAATAACAGCACTCAAAGAGTGTAAGAAGTTTGGAGAAGCCT TATTGGAAGAGGAATTAGAACACCTGGAGAAACATACAGTAAGAAGTGATGAAGGTCTACTGAACTGATG AGCTGGAGGAGTTGGAGGGTGAATGTTTCTTGTAAAACACTAAAATATTATTCTGGGCCTCTTTTTCCTG TTCCCAGAGGTAAGTCATATCATACCTTTGTCTATAAATGTACAAGTCTATCAGACCTTTGTTTATGAAT TTACAGGCCTCTTAGATCTTTGTCTATTAATTCACATACTTATTTTATCCTTATTAGTTTGTGTTTTTAA AATTTTTATCAAATTGGTTTCATACTGTACATGCTATTCCACAACTTGTTCTTAACAACACTGCTTAATA GTTTCATTTTAAGTGTGGTGCTTACGAAAGGTTCTAGTACAAAGTTACAAAAAGTTTCTTTCTATTGCTG GAATGTTCTGCGCTCCCCACCATTCCACTCCCCTGTCCCTAAGCAGCCCCCACTTTGGTCCGTGTTGAAT 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Length	2032

CDS Information

Location	join(418..499,14057..14108,15071..15203,17499..17710, 19193..19325,20244..20341,21890..22019,24359..24573, 26232..26364,26933..27030,27512..27650,29298..29521, 30662..30794,32133..32177)
CDS Sequence	>gi\|4501988:48-1877 Homo sapiens alpha-fetoprotein (AFP), mRNA ATGAAGTGGGTGGAATCAATTTTTTTAATTTTCCTACTAAATTTTACTGAATCCAGAACACTGCATAGAA ATGAATATGGAATAGCTTCCATATTGGATTCTTACCAATGTACTGCAGAGATAAGTTTAGCTGACCTGGC TACCATATTTTTTGCCCAGTTTGTTCAAGAAGCCACTTACAAGGAAGTAAGCAAAATGGTGAAAGATGCA TTGACTGCAATTGAGAAACCCACTGGAGATGAACAGTCTTCAGGGTGTTTAGAAAACCAGCTACCTGCCT TTCTGGAAGAACTTTGCCATGAGAAAGAAATTTTGGAGAAGTACGGACATTCAGACTGCTGCAGCCAAAG TGAAGAGGGAAGACATAACTGTTTTCTTGCACACAAAAAGCCCACTCCAGCATCGATCCCACTTTTCCAA GTTCCAGAACCTGTCACAAGCTGTGAAGCATATGAAGAAGACAGGGAGACATTCATGAACAAATTCATTT ATGAGATAGCAAGAAGGCATCCCTTCCTGTATGCACCTACAATTCTTCTTTGGGCTGCTCGCTATGACAA AATAATTCCATCTTGCTGCAAAGCTGAAAATGCAGTTGAATGCTTCCAAACAAAGGCAGCAACAGTTACA AAAGAATTAAGAGAAAGCAGCTTGTTAAATCAACATGCATGTGCAGTAATGAAAAATTTTGGGACCCGAA CTTTCCAAGCCATAACTGTTACTAAACTGAGTCAGAAGTTTACCAAAGTTAATTTTACTGAAATCCAGAA ACTAGTCCTGGATGTGGCCCATGTACATGAGCACTGTTGCAGAGGAGATGTGCTGGATTGTCTGCAGGAT GGGGAAAAAATCATGTCCTACATATGTTCTCAACAAGACACTCTGTCAAACAAAATAACAGAATGCTGCA AACTGACCACGCTGGAACGTGGTCAATGTATAATTCATGCAGAAAATGATGAAAAACCTGAAGGTCTATC TCCAAATCTAAACAGGTTTTTAGGAGATAGAGATTTTAACCAATTTTCTTCAGGGGAAAAAAATATCTTC TTGGCAAGTTTTGTTCATGAATATTCAAGAAGACATCCTCAGCTTGCTGTCTCAGTAATTCTAAGAGTTG CTAAAGGATACCAGGAGTTATTGGAGAAGTGTTTCCAGACTGAAAACCCTCTTGAATGCCAAGATAAAGG AGAAGAAGAATTACAGAAATACATCCAGGAGAGCCAAGCATTGGCAAAGCGAAGCTGCGGCCTCTTCCAG AAACTAGGAGAATATTACTTACAAAATGCGTTTCTCGTTGCTTACACAAAGAAAGCCCCCCAGCTGACCT CGTCGGAGCTGATGGCCATCACCAGAAAAATGGCAGCCACAGCAGCCACTTGTTGCCAACTCAGTGAGGA CAAACTATTGGCCTGTGGCGAGGGAGCGGCTGACATTATTATCGGACACTTATGTATCAGACATGAAATG ACTCCAGTAAACCCTGGTGTTGGCCAGTGCTGCACTTCTTCATATGCCAACAGGAGGCCATGCTTCAGCA GCTTGGTGGTGGATGAAACATATGTCCCTCCTGCATTCTCTGATGACAAGTTCATTTTCCATAAGGATCT GTGCCAAGCTCAGGGTGTAGCGCTGCAAACGATGAAGCAAGAGTTTCTCATTAACCTTGTGAAGCAAAAG CCACAAATAACAGAGGAACAACTTGAGGCTGTCATTGCAGATTTCTCAGGCCTGTTGGAGAAATGCTGCC AAGGCCAGGAACAGGAAGTCTGCTTTGCTGAAGAGGGACAAAAACTGATTTCAAAAACTCGTGCTGCTTT GGGAGTTTAA Download Select all
CCDS ID	-

Protein Information

Protein ID	NP_001125.1
Protein Name	Alpha-fetoprotein
Molecular Wt. (Da)	66478
Protein Sequence	>174 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATYKEVS KMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQSEEGRHNCFLAH KKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTILLWAARYDKIIPSC CKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAITVTKLSQKFTKVNFTEIQ KLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKITECCKLTTLERGQCIIHAEND EKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYSRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKC FQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLFQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELM AITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADIIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCF SSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFS GLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKLISKTRAALGV Download Select all
Length	609
Uniprot ID	P60709
Ensembl Protein ID	ENSP00000349960

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
N	Glycosylation	251

Enzyme Information

EC	3.1.3.8
Name	3-phytase 1-phytase phytase phytate 1-phosphatase phytate 6-phosphatase
Class	Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases
Sysname	myo-inositol-hexakisphosphate 3-phosphohydrolase
Substrate	myo-inositol hexakisphosphate [CPD:C01204]; H2O
Product	1D-myo-inositol 1,2,4,5,6-pentakisphosphate [CPD:C04563]; phosphate
Reaction (IUBMB)

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
9905	SGSM2	15284	NP_055668.2	yeast 2-hybrid	16169070

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Hippo signaling pathway	hsa04390

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
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cl00031	413-599	ALBUMIN superfamily
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smart00103	404-594	ALBUMIN
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smart00103	212-396	ALBUMIN
smart00103	20-204	ALBUMIN
pfam00273	413-592	Serum_albumin

Ontology Information

HPRD ID	32
Molecular Class	Transport/cargo protein
Molecular Function	Structural constituent of cytoskeleton (GO:0005200)
Biological Process	Cell growth and/or maintenance (GO:0008151)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

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