CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
A1CF	29974	APOBEC1 complementation factor	10	ACF, ASP, ACF64, ACF65, APOBEC1CF

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
21750169	2011	Cell line : - Source : Yokohama City University Hospital, Japan Sample Type : - No. of Sample : 861 subjects, 383 normal subjects, 372 had colorectal adenoma(s), and 106 had CRC Stage : TNM Stage I-Iv	High-magnification chromoscopic colonoscopy	Up-regulation	-	ACF may serve as a reliable surrogate biomarker for human colorectal carcinogenesis. ACFs significantly increased with the stage of the adenoma carcinoma sequence using age- and sex-adjusted analyses of a relatively large sample.

Gene Details

Chromosome 10 - NC_000010.11 (50799409..50885675, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	RNA binding motif (RRM) containing
Description	Mammalian apolipoprotein B mRNA undergoes site-specific C to U deamination, which is mediated by a multi-component enzyme complex containing a minimal core composed of APOBEC-1 and a complementation factor encoded by this gene. The gene product has three non-identical RNA recognition motifs and belongs to the hnRNP R family of RNA-binding proteins. It has been proposed that this complementation factor functions as an RNA-binding subunit and docks APOBEC-1 to deaminate the upstream cytidine. Studies suggest that the protein may also be involved in other RNA editing or RNA processing events. Several transcript variants encoding a few different isoforms have been found for this gene.
Chromosome	10
Location	10q21.1
Start	50799409
End	50885675
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815588:c50885675-50799409 Homo sapiens chromosome 10, GRCh38.p2 Primary Assembly TTTGATATGACGATTAGAGCATAACCCGAGTGACACGTTGAATTCGCCATAATCAAGGAAACCTTTTCCG GGTGGGGATCTCTGAAATTACTCAGGTATGATCCATGTGTTTTGCTTTTTTCTATTTCAACTCTGTGAAA CTGTGTATTGTGGTATCAGTGGGAATGCAGTGAAAACAGCTTTTACCCTCTTCTGTTATCGAGCCTAATT CAAAGAATTATCTAGCTTGTTTTTAGACTAATGAAACAACCAGAAAACAAAAGAATATATTGGAATTATT ATATAATCTCTAAATGAGATAGCTGCCAGGATTTAATAAATTTCTGTAGACTTACCACGGAGGGTTCAAG AGTGGAGCCAATGTTGTGAGAAGTTTATTTAGCTCTAACCAGACAGCAGGGAGAGTTGTGGTTGAGTGCC TGTCCCAATCCTAGGACCCTGAGAAACAAAAATATAATTAACAAAAGAAATAGTATTAACATCACCAGCA GATTTTGAGTTCTGTGTGTGGGTCATAATTCCTATCATACTTTAGACTTCATATATTCAATTATCTCCAG AGCTACTACCACCATAAAAAAGAAAGTCTTGGTACAACTCTTGCGATTCCGCCTGCCATTATCTTGCTAA CCAAAGGAATGTTTAAACTATTCACTTTTGATTCTGACCAAAAAAATATTATGGAAAATGACTGGTTTTC AGTGTGTTAAATCTGAACCTTGGAATGGCTAATTATTATATTGTTTCCACAATTTGGGCAACTGTGCTGA GGTGGATATATTTTCACATATTTTTTTTGTGTACTCCAAAAACATTATAATGGTATTTTAGCTAAAGAAA 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Enzyme Information

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Ontology Information

HPRD ID	1007
Molecular Class	RNA binding protein
Molecular Function	Structural constituent of cytoskeleton (GO:0005200)
Biological Process	Cell growth and/or maintenance (GO:0008151)

SNP Information

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Tumor Gene Family of Databases	GO
CCDB	GO
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Mechanism	Up-regulation
Biomarker	21750169
Drug Target	-
Biological Process	Regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism

CoReCG

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