CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
ATP6V1A	523	ATPase, H+ transporting, lysosomal 70kDa, V1 subunit A	3	HO68; VA68; VPP2; Vma1; ATP6A1; ATP6V1A1

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
22799385	2012	Cell line : - Source : Department of Gastrointestinal Surgery, Guangdong Provincial People Hospital. Sample Type : CRC tumor and Normal tissue No. of Sample : 13 Stage : -	2-D Gelelectrophoresis and MALDI-TOF mass spectrometry.	Down-regulation	-	This Gene differentially expressed and analysed by 2-D Gel Electrophoresis.

Gene Details

Chromosome: 3; NC_000003.11 (113465866..113530905)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	ATPases / V-type
Description	This gene encodes a component of vacuolar ATPase (V-ATPase), a multisubunit enzyme that mediates acidification of eukaryotic intracellular organelles. V-ATPase dependent organelle acidification is necessary for such intracellular processes as protein sorting, zymogen activation, receptor-mediated endocytosis, and synaptic vesicle proton gradient generation. V-ATPase is composed of a cytosolic V1 domain and a transmembrane V0 domain. The V1 domain consists of three A and three B subunits, two G subunits plus the C, D, E, F, and H subunits. The V1 domain contains the ATP catalytic site. The V0 domain consists of five different subunits: a, c, c', c", and d. Additional isoforms of many of the V1 and V0 subunit proteins are encoded by multiple genes or alternatively spliced transcript variants. This encoded protein is one of two V1 domain A subunit isoforms and is found in all tissues. Transcript variants derived from alternative polyadenylation exist. [provided by RefSeq, Jul 2008].
Chromosome	3
Location	3q13.31
Start	113747019
End	113812058
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815595:113747019-113812058 Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p2 Primary Assembly CCCCCCCCCAACCTGTGCAGCTGAGGACTTCCCCTCCGTGGTGACAGCCTCTGGGTCCTCGGTCGGTACA GTCTCTGCACCTCGCGCCCCAGCAGGTGAGCGGCGACCGGTAACTGGCGAGTGGTGGGGATAGAGGGGGT GGAAGGAGGCAGAGGAAGGAGAGAAGGGAGAGTGTGAACGGCGACTTTTCTGCCTGAGGCTTCCTCCCCG CTGTCACCCTGCACCGGCAAGGAGCTCATTTCTCCTTAACCCCCGCTCCCCCAAGTGTGGTCGTTCCCGC TACTTGGGGATTCAGATGTCCACCTTTCCCAGGGTTGGAAGTGAGTGCGGCCATTATGGTTCCCTACTCA GAGCCTTTGGGGCTTCGGGTAGCAGATTGTTTCAGCCATTTCACAGGGTCTGCAGTAGACATTAGGTCCC ATTCCTTAAAGCCCATTCTTTGGCAAAGGTCCTCACTGTCCTTACCCTCAGCTCAGGGCTGAGGAGCGGG GAGGTAGCAAAAACCCTGGAGGCAGAGGCGTCTCCGGTGAGACAGGCTTGGGAGGGACTGTCACTGATAC GGCCCTCACTGCAGAGTCACTGTGAAGCTTCCCTCCGAATGTGCTTTCTCAGTGATTCTAAGGATTTTAT CTGACATACCTGCAGGGAAGGTTCCGTAGATGTTCACGTGCTTCGGATGGGACTAGAAAAGTAAAAGAAG GGCTTTTACTTTTTCTTCTCTGCAGAGAGGACAGTTGAAGGAATACTGTCTTCAAAACAGGAGGTGTTAG TAATGCGACAGTCTCGATTGAATGAGGAGGCGTTGAAAGATGGTATTGTGGTGTTGTGGTGTGCAGGAGG 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Length	4607

CDS Information

Location	join(31736..31817,34032..34160,37206..37420,37678..37815, 39214..39365,41695..41857,42714..42822,47854..47976, 48072..48186,48858..48921,51225..51428,56565..56659, 58336..58507,62317..62409)
CDS Sequence	>gi\|312032410:109-1962 Homo sapiens ATPase, H+ transporting, lysosomal 70kDa, V1 subunit A (ATP6V1A), mRNA ATGGATTTTTCCAAGCTACCCAAAATACTCGATGAAGATAAAGAAAGCACATTTGGTTATGTGCATGGGG TCTCAGGACCTGTGGTTACAGCCTGTGACATGGCGGGTGCAGCCATGTATGAGCTGGTGAGAGTGGGCCA CAGCGAATTGGTTGGAGAGATTATTCGATTGGAGGGTGACATGGCTACTATTCAGGTGTATGAAGAAACT TCTGGTGTGTCTGTTGGAGATCCTGTACTTCGCACTGGTAAACCCCTCTCTGTAGAGCTTGGTCCTGGCA TTATGGGAGCCATTTTTGATGGTATTCAAAGACCTTTGTCGGATATCAGCAGTCAGACCCAAAGCATCTA CATCCCCAGAGGAGTAAACGTGTCTGCTCTTAGCAGAGATATCAAATGGGACTTTACACCTTGCAAAAAC CTACGGGTTGGTAGTCATATCACTGGCGGAGACATTTATGGAATTGTCAGTGAGAACTCGCTTATCAAAC ACAAAATCATGTTACCCCCACGAAACAGAGGAACTGTAACTTACATTGCTCCACCTGGGAATTATGATAC CTCTGATGTTGTCTTGGAGCTTGAATTTGAAGGTGTAAAGGAGAAGTTCACCATGGTGCAAGTATGGCCT GTACGTCAAGTTCGACCTGTCACTGAGAAGCTGCCAGCCAATCATCCTCTGTTGACTGGCCAGAGAGTCC TTGATGCCCTTTTTCCGTGTGTCCAGGGAGGAACTACTGCTATCCCTGGAGCCTTTGGCTGTGGAAAGAC AGTGATATCACAGTCTCTATCCAAGTATTCTAACAGTGATGTAATCATCTATGTAGGATGTGGTGAAAGA GGAAATGAGATGTCTGAAGTCCTCCGGGACTTCCCAGAGCTCACAATGGAGGTTGATGGTAAGGTAGAGT CAATTATGAAGAGGACAGCTTTGGTAGCCAATACCTCCAATATGCCTGTTGCTGCTAGAGAAGCCTCTAT TTATACTGGAATCACACTGTCAGAGTACTTCCGTGACATGGGCTATCATGTCAGTATGATGGCTGACTCT ACCTCTAGATGGGCTGAGGCCCTTAGAGAAATCTCTGGTCGTTTAGCTGAAATGCCTGCAGATAGTGGAT ATCCAGCCTATCTTGGTGCCCGTCTGGCCTCGTTTTATGAACGAGCAGGCAGGGTGAAATGTCTTGGAAA TCCTGAAAGAGAAGGGAGTGTCAGCATTGTAGGAGCAGTTTCTCCACCTGGTGGTGATTTTTCTGATCCA GTTACATCTGCCACTCTTGGTATCGTTCAGGTGTTCTGGGGCTTAGATAAGAAACTAGCTCAACGTAAGC ATTTCCCCTCTGTCAATTGGCTCATCAGCTACAGCAAGTATATGCGTGCCTTGGATGAATACTATGACAA ACACTTCACAGAGTTCGTTCCTCTGAGGACGAAAGCTAAGGAAATTCTGCAGGAAGAAGAAGACCTGGCA GAAATTGTACAGCTTGTGGGAAAGGCTTCTTTGGCAGAAACAGATAAAATCACTCTGGAGGTAGCAAAAC TTATCAAAGATGATTTCCTACAACAAAATGGATATACTCCTTATGACAGGTTCTGCCCATTCTACAAGAC AGTAGGGATGCTGTCCAACATGATTGCATTTTATGATATGGCTCGTAGAGCTGTTGAAACCACTGCCCAG AGTGACAATAAAATCACATGGTCCATTATTCGTGAGCACATGGGAGACATCCTCTATAAACTTTCCTCCA TGAAATTCAAGGATCCACTGAAAGATGGTGAGGCAAAGATCAAAAGCGACTATGCACAACTTCTTGAAGA CATGCAGAATGCATTCCGTAGCCTTGAAGATTAG Download Select all
CCDS ID	CCDS2976.1

Protein Information

Protein ID	NP_001681.2
Protein Name	ATPase, H+ transporting, lysosomal 70kDa, V1 subunit A
Molecular Wt. (Da)	68173
Protein Sequence	>523 MDFSKLPKILDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATI QVYEETSGVSVGDPVLRTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALS RDIKWDFTPCKNLRVGSHITGGDIYGIVSENSLIKHKIMLPPRNRGTVTYIAPPGNYDTSDVVL ELEFEGVKEKFTMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTAIPGAFGCGK TVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPV AAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLAS FYERAGRVKCLGNPEREGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSV NWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAKEILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVA KLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMIAFYDMARRAVETTAQSDNKITWSIIREHMGD ILYKLSSMKFKDPLKDGEAKIKSDYAQLLEDMQNAFRSLED Download Select all
Length	617
Uniprot ID	P31749
Ensembl Protein ID	ENSP00000270202

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	145
T	Phosphorylation	148
Y	Phosphorylation	153
S	Phosphorylation	157
S	Phosphorylation	316

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
7284	TUFM	3861	NP_003312.3	in vitro	11741979

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Collecting duct acid secretion	hsa04966
Epithelial cell signaling in Helicobacter pylori infection	hsa05120
Metabolic pathways	hsa01100
Oxidative phosphorylation	hsa00190
Phagosome	hsa04145
Rheumatoid arthritis	hsa05323
Synaptic vesicle cycle	hsa04721
Vibrio cholerae infection	hsa05110

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
cd01134	85-457	V_A-ATPase_A
cl21455	85-457	P-loop_NTPase superfamily
pfam00006	229-455	ATP-synt_ab
cd01136	222-522	ATPase_flagellum-secretory_path_III
cd01133	209-458	F1-ATPase_beta
pfam00306	475-617	ATP-synt_ab_C
cl08258	475-617	ATP-synt_ab_C superfamily
cd01135	262-456	V_A-ATPase_B
cd01132	217-456	F1_ATPase_alpha
cd01120	246-421	RecA-like_NTPases
pfam02874	21-83	ATP-synt_ab_N
cl23532	21-83	ATP-synt_ab_N superfamily
TIGR01042	17-609	V-ATPase_V1_A
COG1155	19-615	NtpA
PRK04192	19-606	PRK04192
TIGR01043	19-613	ATP_syn_A_arch
PRK14698	257-606	PRK14698
PRK14698	19-263	PRK14698
TIGR02546	17-546	III_secr_ATP
TIGR01026	44-522	fliI_yscN
COG1157	4-542	FliI
TIGR03498	19-534	FliI_clade3
PRK06820	18-541	PRK06820
TIGR03497	19-545	FliI_clade2
TIGR03496	19-523	FliI_clade1
TIGR01039	209-523	atpD
PRK06936	216-461	PRK06936
PRK07721	219-492	fliI
PRK07594	34-461	PRK07594
PRK08149	215-546	PRK08149
PRK08927	226-523	fliI
COG0055	19-523	AtpD
COG1156	21-526	NtpB
TIGR03305	19-549	alt_F1F0_F1_bet
PRK12597	209-523	PRK12597
PRK06315	2-461	PRK06315
PRK04196	21-526	PRK04196
PRK09099	16-546	PRK09099
PRK08972	215-458	fliI
PRK07960	219-465	fliI
PRK06002	225-456	fliI
PRK07196	213-546	fliI
PRK05688	222-458	fliI
TIGR01041	24-526	ATP_syn_B_arch
CHL00060	229-522	atpB
PRK09280	200-523	PRK09280
TIGR00962	210-456	atpA
PRK06793	229-458	fliI
PRK08472	224-546	fliI
TIGR01040	306-525	V-ATPase_V1_B
PRK05922	216-545	PRK05922
PRK13343	34-402	PRK13343
COG0056	210-406	AtpA
PTZ00185	217-456	PTZ00185
CHL00059	215-432	atpA
PRK02118	36-425	PRK02118
TIGR03324	212-389	alt_F1F0_F1_al
PRK09281	212-392	PRK09281

Ontology Information

HPRD ID	1261
Molecular Class	Unknown
Molecular Function	Protein serine/threonine kinase activity (GO:0004674)
Biological Process	Cell communication (GO:0007154); Signal transduction (GO:0007165)

SNP Information

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Drug Information

Uniprot ID DrugBank ID Name Type
P38606 DB00630 Alendronate SmallMoleculeDrug
P38606 DB01077 Etidronic acid SmallMoleculeDrug
P38606 DB01133 Tiludronate SmallMoleculeDrug

External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

Uniprot ID	DrugBank ID	Name	Type
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P38606	DB01133	Tiludronate	SmallMoleculeDrug

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Tumor Gene Family of Databases	GO
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Osteosarcoma Database	GO
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