CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
CANX	821	calnexin	5	CNX, IP90, P90

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
18678097	2008	Cell line : - Source : - Sample Type : - No. of Sample : 17 patients with LARA, clinical stage II, III according to IUCC were enrolled into our pilot study Stage : Clinical stage II, III	Low-density oligonucleotide microarrays	Up-regulation	-	8 genes (RB1, RBBP4, HYOUI, JUNB, MDM4,�CANX, MMP2, TCF7L2) significantly upregulated in NR.

Gene Details

NC_000005.9 (179125019..179158642)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	-
Description	This gene encodes a member of the calnexin family of molecular chaperones. The encoded protein is a calcium-binding, endoplasmic reticulum (ER)-associated protein that interacts transiently with newly synthesized N-linked glycoproteins, facilitating protein folding and assembly. It may also play a central role in the quality control of protein folding by retaining incorrectly folded protein subunits within the ER for degradation. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been described. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Chromosome	5
Location	5q35
Start	179125019
End	179158642
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815593:179678646-179731641 Homo sapiens chromosome 5, GRCh38.p2 Primary Assembly GCGCATCTTCCTCTGCCCGGCGCGCGCCGCAGCCGTCGGGATCACCTCGGGGTTGCGCTGCTTCTCCAGC AAGTGCATGCGCGCCATGGTCTCAGTCAGCATGTCTATGAGCAGTTCCTGCTGCAGCTTCAGGTAGTTGT TCTCCTCCAGCAACACTTGGCTTTTGGACCGCTGCACCTGCGCCTTCCAGCCCCAGGCGGTCCGCGAGAG CAGCGGCGACCGCGTCCTCGCCAGCTGGCTCTCAGTGGTCCACCGCCCGCCGCGGAACACGAAGGCCTGG TTGCTGAGGCGCATGCACGGCGCGCCGTAGGCGAGGCCCAGCTCGGCCTGGCGCGTGTTGTGGTCCAGCA GGTAGAAGGTGGACAGGGAGGGCATGCGGCGCAGTGGCGGCCGCCGTGGCGAGAAGGGCCGCGAGATGTG ATCGGCCCAAAACTGCTGCAGCGTCTGCCACAGGCGGCTGGCATGGCTCGTAGCCGAGCACTCGAAGGTT GCCAGGGCGTGGACCTTGTAGGGCACGCAGGTGCTCGAAGGGGAGCCTCGGGAGCGCTGGCGACTCGTGC TGCGCTCTTGTCTCGGGAGCCCGGATGTCCAGAATGATGAAGGCGAGCCAGGGGGCGCTGCTGGGAGACA AGAGTCCGGGTGAGCAGCGTGCTTGGTACAGGCCGCCTCTCAAACCGCGAGGCCGGCGGACATGTCTTAG CCCTGCAGCTACGGCTGCGGCTGTGTCTCACCAGCTGCTGGCCACCGAGGAGCCCGTCGTTCCACGCTGC ACAGGCAGCAGTCTCACCTAAACCATCTTCCCCAAAGACCACTGAGGATCAGGCCCTGGGATACATATGC 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CGTGAGCTCCGGAATAGATGTCTTCATCACTTCTTCCACTGTGTGTTGACACTGTTTTCCTTACCTATTT CCTCAGATCCCCAGCTTTCTCCTCTGCTATGCATTTTCTTCACAGTGCAGCTTGCAGTCCGTTGCTGAAA ATGATTATAAGCCCTGCATAATGTTAAGCTTTATTGTGATTACGTGTATGTTTCTTCTTTCTTTTAAGCA GACCCATACCTTTCCAGGGTCAAAGTACAGAATAGAATACATTGATACAAAGTACAGAAAAATACTTTGA TTTTTATCCATTTCTTTTACTCTGTGTAAAGACTTGAGAAGTCTAATTCACAGGCAAACCAATACAGAAT TGACTGCAGTTGAACAGACTAGAAGTATTTGTGGGAGGAGTGACATGAAGCATGAGTTATCTGATTTTTT TTGTAGCTGCTATATATTTTAAGCCTTCATTTGCAATTCATGTAACAGTTGTGTCATAAATTACACAATA AAGCAGTCCTGTTCAAATTTTTTTTTAACGTGGCTTGTAGAATTTTTAAAAAAGTGATCTTAGGTTTGTT TTTTCATGCGGGATGCAGATGGGTGCTATCAGAGCCTCTCCCACACCACTATAGTGTAATAATGTTATTA TTACTCTACACTGAAACGTATTCAGAGTTAGATATTATTTTAGCTTCAGTTGTTCTTTAGAGGCTTTCAA ATGTACCGATGATACTGTTTCTTGCACTGAATATATAAACACTCCACAGTGTTTATATTGGGAAGATATT GGGAAGGAAATATATTTGTAAAAGATGAAGGCTGTATCTATTTTTTTTTCTTTTTAAAGTTTGTTCACTT AAATTCTTTTGAGGATGGGATGTATTTTTCTTGCTGTTCAGTGCTTTTTCCTTTTCATCTGTTGTTCTGT GGTCACAGTGACCTTAGCTACATAGCAGACTTTCCCAAATGTATTGATTACAAATAAACAGTTGTTACTT AGCAAGACCTGAAAATATGTCTGCAGGTTTCTCCTTGAAGCAAATGTGTGGGATCATTGCATTTCCAGAA ATCTGCCTCCTTCACCCTCCGTTGACAGTATATGTCATGCCTCACTTTCTTCTAGCTGAGCTTTAAATCA TTAGAGCTTAAATTGTCAGATCGTTCATTGCCTTTCCAGGGTTATTTAGTAAAGTTTGTTGAAAACAAAA ACGCCTTTTCTTGGTTCTTTTTTCAGTTATTTTGAAGGTCCAGCATCCTGATTAAATGTCTGACACATTA ATGAATGACCAGCAGCAGCTTTCAGCTCTTAAAAAGACACTTATATTTTGATTTTACATGCTGGTTACCT GTTCCATTGTTGTCAAATGCCCACTCTCCATCAGATGTGTTCCTCCATTTTCTTATCCACAAAGTACTCC TCACTTTTCAATTTGTCATGTTACTAAATGGTGTTACATTAAAGCCCTGTGTTAAGTGTCTGCTTTTGAC TGAATTTCTTCATAGTAACCTTCAGTGTGTGTGTGTGACTATGTTCAATTAGTGGGTTGATCTTCGTATA ATTGGCCACTATGTGAGAGTTCACTACTAGGCAGAAACTATTATGGACAGTGAAATAATGACTTTTATCT CACCACGTGAGTTTGATGCAGTCTTTTCTGTCTAGCCCTTGCCTCTTCCTGCCCATGTGATTGCGGTGCA GTAGTTTCTGTTGTATAATAGTGTGGACAGCAGCTCAGAAAAGGAGGGAATGCTACTGATAATTTGTAGA TAATATTCTTTAAGACTTAGGGGAACCATTGAACTTTGAAATTTTTATTAGAAAATTATTTGTTCAGAAT CAGACTCCATTATTTTACATATACTTAAATACTTTAGGGGTATTTTTGAAAGTTAGCCCAGTTTTTTATG TGCTATTAAATTTTTAGATTACATACTAAAGAAAAGTATGTACACAGAATGTAGTGCTCCTAGTTACTAT TTTTTCTATTAAGAAATAGTTTAGTTCTGGTGTAAAATTTGTTTGAATGCTAAAAAAAAAAAAGCAGGAC TGCATTATGGCACTTTTGCCTTGGTGGCCCACTTTCTCCATTTAAAACATTAGGATTTGTATTTTTCTGC TGCGTTTGTATGAAGACATATTTGATTGTTGTTTTCTCTTGATTTTAAAATAAAACCTCATGAGCCCTAG TAAAAA Download Select all
Length	33624
OMIM ID	114217
HGNC ID	HGNC:1473
Unigene ID	Hs.567968
Ensembl ID	ENSG00000127022
PharmGKB ID	PA26055

mRNA Information

mRNA ID	NM_001164444.1
Exon	complement(join(<1..620,2228..2329))
mRNA Sequence	Download Select all
Length	810

CDS Information

Location	57..785
CDS Sequence	>lcl\|NM_001164444.1_cds_NP_001157916.1_1 [gene=CBY3] [protein=protein chibby homolog 3] [protein_id=NP_001157916.1] [location=57..785] ATGTGGGCTTCCAGAGACCATCTCCCTGAACCAGATCTTGGGGATGCAGCGCCCCCTGGCTCGCCTTCAT CATTCTGGACATCCGGGCTCCCGAGACAAGAGCGCAGCACGAGTCGCCAGCGCTCCCGAGGCTCCCCTTC GAGCACCTGCGTGCCCTACAAGGTCCACGCCCTGGCAACCTTCGAGTGCTCGGCTACGAGCCATGCCAGC CGCCTGTGGCAGACGCTGCAGCAGTTTTGGGCCGATCACATCTCGCGGCCCTTCTCGCCACGGCGGCCGC CACTGCGCCGCATGCCCTCCCTGTCCACCTTCTACCTGCTGGACCACAACACGCGCCAGGCCGAGCTGGG CCTCGCCTACGGCGCGCCGTGCATGCGCCTCAGCAACCAGGCCTTCGTGTTCCGCGGCGGGCGGTGGACC ACTGAGAGCCAGCTGGCGAGGACGCGGTCGCCGCTGCTCTCGCGGACCGCCTGGGGCTGGAAGGCGCAGG TGCAGCGGTCCAAAAGCCAAGTGTTGCTGGAGGAGAACAACTACCTGAAGCTGCAGCAGGAACTGCTCAT AGACATGCTGACTGAGACCATGGCGCGCATGCACTTGCTGGAGAAGCAGCGCAACCCCGAGGTGATCCCG ACGGCTGCGGCGCGCGCCGGGCAGAGGAAGATGCGCAAGCGCGCAGGCGCCAGCGCGGGCGTGCTCATGA TCCAGCCGTGCGCTCTGGACTCGCAGTGA Download Select all
CCDS ID	CCDS4447.1

Protein Information

Protein ID	NP_001157916.1
Protein Name	calnexin
Molecular Wt. (Da)	27212
Protein Sequence	Download Select all
Length	242
Uniprot ID	Q9UIF7
Ensembl Protein ID	ENSP00000346354

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	554
S	Phosphorylation	564
S	Phosphorylation	583
S	Phosphorylation	554
S	Phosphorylation	564
S	Phosphorylation	583
T	Phosphorylation	562
T	Phosphorylation	562
S	Phosphorylation	583;-
S	Phosphorylation	583;-
K	Acetylation	137
K	Acetylation	137
S	Phosphorylation	392
S	Phosphorylation	392

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
338	APOB	133	NP_000375.2	in vitro;in vivo	14498830
2492	FSHR	639	NP_000136.2	in vivo	9528938
3459	IFNGR1	127	NP_000407.1	in vivo	8136357
3973	LHCGR	1073	NP_000224.2	in vivo	9528938
4035	LRP1	138	NP_002323.2	in vivo	14980518
6521	SLC4A1	175	NP_000333.1	in vitro;in vivo	10364201
11170	FAM107A	9753	NP_009108.1	yeast 2-hybrid	16169070

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Antigen processing and presentation	hsa04612
HTLV-I infection	hsa05166
Phagosome	hsa04145
Protein processing in endoplasmic reticulum	hsa04141
Thyroid hormone synthesis	hsa04918

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
pfam00262	69-440	Calreticulin
cl02828	69-440	Calreticulin superfamily
PHA03169	268-386	PHA03169

Ontology Information

HPRD ID	3247
Molecular Class	Chaperone
Molecular Function	Transcription factor activity (GO:0003700)
Biological Process	Regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism (GO:0019219)

SNP Information

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Drug Information

Uniprot ID DrugBank ID Name Type
P27824 DB00025 Antihemophilic Factor (Recombinant) BiotechDrug
P27824 DB00031 Tenecteplase BiotechDrug

External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

Uniprot ID	DrugBank ID	Name	Type
P27824	DB00025	Antihemophilic Factor (Recombinant)	BiotechDrug
P27824	DB00031	Tenecteplase	BiotechDrug

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Cancer3D	GO
COSMIC	GO
NCG	GO
TSGene	GO
Tumor Gene Family of Databases	GO
CCDB	GO
G2SBC	GO
Osteosarcoma Database	GO
RCDB	GO