CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
DICER1	23405	dicer 1, ribonuclease type III	14	Dicer, KIAA0928, K12H4.8-LIKE, HERNA

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
21345667	2011	Cell line : - Source : Ludwig Maximilian University of Munich Sample Type : CRC tumor and normal tissue No. of Sample : 237 patients with moderately differentiated adenocarcinoma (G2) of the colon or rectum Stage : -	Tissue microarray and immunohistochemistry	Up-regulation	-	Strong expression of the central microRNA biosynthesis enzyme Dicer predicts poor prognosis in patients with colorectal cancer.

Gene Details

Chromosome 14 - NC_000014.9 (95086228..95158010, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family
Description	This gene encodes a protein possessing an RNA helicase motif containing a DEXH box in its amino terminus and an RNA motif in the carboxy terminus. The encoded protein functions as a ribonuclease and is required by the RNA interference and small temporal RNA (stRNA) pathways to produce the active small RNA component that represses gene expression. Alternative splicing results in multiple transcript variants.
Chromosome	14
Location	14q32.13
Start	95086228
End	95158010
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815584:c95158010-95086228 Homo sapiens chromosome 14, GRCh38.p2 Primary Assembly GCGGAAGTGGGTGTTTGTTATTTCCCCAAATGCGGAGGCCCCTGCACCACTAACGCGAGGAAACGCAGGC GAGTGGGAAGGTACTTTAAAAAGGGGAGGGAGGTGCTCAGAGGGAAGCTAAGCTCTCCGGGAAACAATTA CGGCCACGTTACGGTCTGTGGGTGCCAGAAGGAGCAACAATGGAGGCAGTCGAATTCCGAGAGCTCAGAG AGTCTGCCAAACTTAGCCGGCCTCGGCGCGCGGGTTCCCGGGGGCCCCAAAAACTCCGGGCAACTGCGGC CCAACGCCAAGGTCCAGTCCAGGCGCTGGGCCGCAAACGCCTCTCCGGCCTCCGCGCGCGCGCCCGCTGT CTCCCTGCTCCTGAGTGGCTGGGGGGCCGGGATTAACCTTTCACCGCCAGGCCCTGTCCAATCACAGGCT CGCTCTCATGCCGCCACGGGGCGAGCGGAGCGTGGGGGCGCGGAGGGGCGGTGCGGGAGCCAGTGGGATT CTCCAAGCGGCTGTGCGCCGTTGCCGCGGGCCGTGCGCTGGCTGCCGGCCAGCCGGGCGCTGCGCAGTCT CCGCAGGCGCCGGCGGGAGGGGTCGAGGCGGAGGCGCGGCGCAGGCTGCTGCAGGCCCAGGTGAATGGAG TAACCTGACAGCGGGGACGAGGCGACGGCGAGCGCGAGGAAATGGCGGCGGGGGCGGCGGCGCCGGGCGG CTCCGGGAGGCCTGGGCTGTGACGCGCGCGCCGGAGCGGGGTCCGATGGTTCTCGAAGGCCCGCGGCGCC CCGTGCTGCAGGTGAGGCGGGCTCCCGCGGAGCAGCTTTGTGTCCGGGGCGGGGAGCGGGTCGCCTGGCC 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TGGACCATTTACTGACAGAAGTGGGCTTTATGAAAGACTGCTGATGGAATTAGAAGAAGCACTTAATTTT ATCAATGATTGTAATATATCTGTACATTCAAAAGAAAGAGATTCTACTTTAATTTCGAAACAGATACTAT CAGACTGTCGTGCCGTATTGGTAGTTCTGGGACCCTGGTGTGCAGATAAAGTAGCTGGAATGATGGTAAG AGAACTACAGAAATACATCAAACATGAGCAAGAGGAGCTGCACAGGAAATTTTTATTGTTTACAGACACT TTCCTAAGGAAAATACATGCACTATGTGAAGAGCACTTCTCACCTGCCTCACTTGACCTGAAATTTGTAA CTCCTAAAGTAATCAAACTGCTCGAAATCTTACGCAAATATAAACCATATGAGCGACAGCAGTTTGAAAG CGTTGAGTGGTATAATAATAGAAATCAGGATAATTATGTGTCATGGAGTGATTCTGAGGATGATGATGAG GATGAAGAAATTGAAGAAAAAGAGAAGCCAGAGACAAATTTTCCTTCTCCTTTTACCAACATTTTGTGCG GAATTATTTTTGTGGAAAGAAGATACACAGCAGTTGTCTTAAACAGATTGATAAAGGAAGCTGGCAAACA AGATCCAGAGCTGGCTTATATCAGTAGCAATTTCATAACTGGACATGGCATTGGGAAGAATCAGCCTCGC AACAAACAGATGGAAGCAGAATTCAGAAAACAGGAAGAGGTACTTAGGAAATTTCGAGCACATGAGACCA ACCTGCTTATTGCAACAAGTATTGTAGAAGAGGGTGTTGATATACCAAAATGCAACTTGGTGGTTCGTTT TGATTTGCCCACAGAATATCGATCCTATGTTCAATCTAAAGGAAGAGCAAGGGCACCCATCTCTAATTAT ATAATGTTAGCGGATACAGACAAAATAAAAAGTTTTGAAGAAGACCTTAAAACCTACAAAGCTATTGAAA AGATCTTGAGAAACAAGTGTTCCAAGTCGGTTGATACTGGTGAGACTGACATTGATCCTGTCATGGATGA TGATGACGTTTTCCCACCATATGTGTTGAGGCCTGACGATGGTGGTCCACGAGTCACAATCAACACGGCC ATTGGACACATCAATAGATACTGTGCTAGATTACCAAGTGATCCGTTTACTCATCTAGCTCCTAAATGCA GAACCCGAGAGTTGCCTGATGGTACATTTTATTCAACTCTTTATCTGCCAATTAACTCACCTCTTCGAGC CTCCATTGTTGGTCCACCAATGAGCTGTGTACGATTGGCTGAAAGAGTTGTAGCTCTCATTTGCTGTGAG AAACTGCACAAAATTGGCGAACTGGATGACCATTTGATGCCAGTTGGGAAAGAGACTGTTAAATATGAAG AGGAGCTTGATTTGCATGATGAAGAAGAGACCAGTGTTCCAGGAAGACCAGGTTCCACGAAACGAAGGCA GTGCTACCCAAAAGCAATTCCAGAGTGTTTGAGGGATAGTTATCCCAGACCTGATCAGCCCTGTTACCTG TATGTGATAGGAATGGTTTTAACTACACCTTTACCTGATGAACTCAACTTTAGAAGGCGGAAGCTCTATC CTCCTGAAGATACCACAAGATGCTTTGGAATACTGACGGCCAAACCCATACCTCAGATTCCACACTTTCC TGTGTACACACGCTCTGGAGAGGTTACCATATCCATTGAGTTGAAGAAGTCTGGTTTCATGTTGTCTCTA CAAATGCTTGAGTTGATTACAAGACTTCACCAGTATATATTCTCACATATTCTTCGGCTTGAAAAACCTG CACTAGAATTTAAACCTACAGACGCTGATTCAGCATACTGTGTTCTACCTCTTAATGTTGTTAATGACTC CAGCACTTTGGATATTGACTTTAAATTCATGGAAGATATTGAGAAGTCTGAAGCTCGCATAGGCATTCCC AGTACAAAGTATACAAAAGAAACACCCTTTGTTTTTAAATTAGAAGATTACCAAGATGCCGTTATCATTC CAAGATATCGCAATTTTGATCAGCCTCATCGATTTTATGTAGCTGATGTGTACACTGATCTTACCCCACT CAGTAAATTTCCTTCCCCTGAGTATGAAACTTTTGCAGAATATTATAAAACAAAGTACAACCTTGACCTA ACCAATCTCAACCAGCCACTGCTGGATGTGGACCACACATCTTCAAGACTTAATCTTTTGACACCTCGAC ATTTGAATCAGAAGGGGAAAGCGCTTCCTTTAAGCAGTGCTGAGAAGAGGAAAGCCAAATGGGAAAGTCT GCAGAATAAACAGATACTGGTTCCAGAACTCTGTGCTATACATCCAATTCCAGCATCACTGTGGAGAAAA GCTGTTTGTCTCCCCAGCATACTTTATCGCCTTCACTGCCTTTTGACTGCAGAGGAGCTAAGAGCCCAGA CTGCCAGCGATGCTGGCGTGGGAGTCAGATCACTTCCTGCGGATTTTAGATACCCTAACTTAGACTTCGG GTGGAAAAAATCTATTGACAGCAAATCTTTCATCTCAATTTCTAACTCCTCTTCAGCTGAAAATGATAAT TACTGTAAGCACAGCACAATTGTCCCTGAAAATGCTGCACATCAAGGTGCTAATAGAACCTCCTCTCTAG AAAATCATGACCAAATGTCTGTGAACTGCAGAACGTTGCTCAGCGAGTCCCCTGGTAAGCTCCACGTTGA AGTTTCAGCAGATCTTACAGCAATTAATGGTCTTTCTTACAATCAAAATCTCGCCAATGGCAGTTATGAT TTAGCTAACAGAGACTTTTGCCAAGGAAATCAGCTAAATTACTACAAGCAGGAAATACCCGTGCAACCAA CTACCTCATATTCCATTCAGAATTTATACAGTTACGAGAACCAGCCCCAGCCCAGCGATGAATGTACTCT CCTGAGTAATAAATACCTTGATGGAAATGCTAACAAATCTACCTCAGATGGAAGTCCTGTGATGGCCGTA ATGCCTGGTACGACAGACACTATTCAAGTGCTCAAGGGCAGGATGGATTCTGAGCAGAGCCCTTCTATTG GGTACTCCTCAAGGACTCTTGGCCCCAATCCTGGACTTATTCTTCAGGCTTTGACTCTGTCAAACGCTAG TGATGGATTTAACCTGGAGCGGCTTGAAATGCTTGGCGACTCCTTTTTAAAGCATGCCATCACCACATAT CTATTTTGCACTTACCCTGATGCGCATGAGGGCCGCCTTTCATATATGAGAAGCAAAAAGGTCAGCAACT GTAATCTGTATCGCCTTGGAAAAAAGAAGGGACTACCCAGCCGCATGGTGGTGTCAATATTTGATCCCCC TGTGAATTGGCTTCCTCCTGGTTATGTAGTAAATCAAGACAAAAGCAACACAGATAAATGGGAAAAAGAT GAAATGACAAAAGACTGCATGCTGGCGAATGGCAAACTGGATGAGGATTACGAGGAGGAGGATGAGGAGG AGGAGAGCCTGATGTGGAGGGCTCCGAAGGAAGAGGCTGACTATGAAGATGATTTCCTGGAGTATGATCA GGAACATATCAGATTTATAGATAATATGTTAATGGGGTCAGGAGCTTTTGTAAAGAAAATCTCTCTTTCT CCTTTTTCAACCACTGATTCTGCATATGAATGGAAAATGCCCAAAAAATCCTCCTTAGGTAGTATGCCAT TTTCATCAGATTTTGAGGATTTTGACTACAGCTCTTGGGATGCAATGTGCTATCTGGATCCTAGCAAAGC TGTTGAAGAAGATGACTTTGTGGTGGGGTTCTGGAATCCATCAGAAGAAAACTGTGGTGTTGACACGGGA AAGCAGTCCATTTCTTACGACTTGCACACTGAGCAGTGTATTGCTGACAAAAGCATAGCGGACTGTGTGG AAGCCCTGCTGGGCTGCTATTTAACCAGCTGTGGGGAGAGGGCTGCTCAGCTTTTCCTCTGTTCACTGGG GCTGAAGGTGCTCCCGGTAATTAAAAGGACTGATCGGGAAAAGGCCCTGTGCCCTACTCGGGAGAATTTC AACAGCCAACAAAAGAACCTTTCAGTGAGCTGTGCTGCTGCTTCTGTGGCCAGTTCACGCTCTTCTGTAT TGAAAGACTCGGAATATGGTTGTTTGAAGATTCCACCAAGATGTATGTTTGATCATCCAGATGCAGATAA AACACTGAATCACCTTATATCGGGGTTTGAAAATTTTGAAAAGAAAATCAACTACAGATTCAAGAATAAG GCTTACCTTCTCCAGGCTTTTACACATGCCTCCTACCACTACAATACTATCACTGATTGTTACCAGCGCT TAGAATTCCTGGGAGATGCGATTTTGGACTACCTCATAACCAAGCACCTTTATGAAGACCCGCGGCAGCA CTCCCCGGGGGTCCTGACAGACCTGCGGTCTGCCCTGGTCAACAACACCATCTTTGCATCGCTGGCTGTA AAGTACGACTACCACAAGTACTTCAAAGCTGTCTCTCCTGAGCTCTTCCATGTCATTGATGACTTTGTGC AGTTTCAGCTTGAGAAGAATGAAATGCAAGGAATGGATTCTGAGAAAAGTTTTCTGCAAATGTACCCCGT TCCCCTGTGCGAGAATTGCTTGAAATGGAACCAGAAACTGCCAAATTTAGCCCGGCTGAGAGAACTTACG ACGGGAAGGTCAGAGTCACTGTGGAAGTAG Download Select all
CCDS ID	CCDS9931.1

Protein Information

Protein ID	NP_001182502.1
Protein Name	dicer 1, ribonuclease type III
Molecular Wt. (Da)	208318
Protein Sequence	>23405 MKSPALQPLSMAGLQLMTPASSPMGPFFGLPWQQEAIHDNIYTPRKYQVELLEAALDHNTIVCL NTGSGKTFIAVLLTKELSYQIRGDFSRNGKRTVFLVNSANQVAQQVSAVRTHSDLKVGEYSNLE VNASWTKERWNQEFTKHQVLIMTCYVALNVLKNGYLSLSDINLLVFDECHLAILDHPYREIMKL CENCPSCPRILGLTASILNGKCDPEELEEKIQKLEKILKSNAETATDLVVLDRYTSQPCEIVVD CGPFTDRSGLYERLLMELEEALNFINDCNISVHSKERDSTLISKQILSDCRAVLVVLGPWCADK VAGMMVRELQKYIKHEQEELHRKFLLFTDTFLRKIHALCEEHFSPASLDLKFVTPKVIKLLEIL RKYKPYERQQFESVEWYNNRNQDNYVSWSDSEDDDEDEEIEEKEKPETNFPSPFTNILCGIIFV ERRYTAVVLNRLIKEAGKQDPELAYISSNFITGHGIGKNQPRNKQMEAEFRKQEEVLRKFRAHE TNLLIATSIVEEGVDIPKCNLVVRFDLPTEYRSYVQSKGRARAPISNYIMLADTDKIKSFEEDL KTYKAIEKILRNKCSKSVDTGETDIDPVMDDDDVFPPYVLRPDDGGPRVTINTAIGHINRYCAR LPSDPFTHLAPKCRTRELPDGTFYSTLYLPINSPLRASIVGPPMSCVRLAERVVALICCEKLHK IGELDDHLMPVGKETVKYEEELDLHDEEETSVPGRPGSTKRRQCYPKAIPECLRDSYPRPDQPC YLYVIGMVLTTPLPDELNFRRRKLYPPEDTTRCFGILTAKPIPQIPHFPVYTRSGEVTISIELK KSGFMLSLQMLELITRLHQYIFSHILRLEKPALEFKPTDADSAYCVLPLNVVNDSSTLDIDFKF MEDIEKSEARIGIPSTKYTKETPFVFKLEDYQDAVIIPRYRNFDQPHRFYVADVYTDLTPLSKF PSPEYETFAEYYKTKYNLDLTNLNQPLLDVDHTSSRLNLLTPRHLNQKGKALPLSSAEKRKAKW ESLQNKQILVPELCAIHPIPASLWRKAVCLPSILYRLHCLLTAEELRAQTASDAGVGVRSLPAD FRYPNLDFGWKKSIDSKSFISISNSSSAENDNYCKHSTIVPENAAHQGANRTSSLENHDQMSVN CRTLLSESPGKLHVEVSADLTAINGLSYNQNLANGSYDLANRDFCQGNQLNYYKQEIPVQPTTS YSIQNLYSYENQPQPSDECTLLSNKYLDGNANKSTSDGSPVMAVMPGTTDTIQVLKGRMDSEQS PSIGYSSRTLGPNPGLILQALTLSNASDGFNLERLEMLGDSFLKHAITTYLFCTYPDAHEGRLS YMRSKKVSNCNLYRLGKKKGLPSRMVVSIFDPPVNWLPPGYVVNQDKSNTDKWEKDEMTKDCML ANGKLDEDYEEEDEEEESLMWRAPKEEADYEDDFLEYDQEHIRFIDNMLMGSGAFVKKISLSPF STTDSAYEWKMPKKSSLGSMPFSSDFEDFDYSSWDAMCYLDPSKAVEEDDFVVGFWNPSEENCG VDTGKQSISYDLHTEQCIADKSIADCVEALLGCYLTSCGERAAQLFLCSLGLKVLPVIKRTDRE KALCPTRENFNSQQKNLSVSCAAASVASSRSSVLKDSEYGCLKIPPRCMFDHPDADKTLNHLIS GFENFEKKINYRFKNKAYLLQAFTHASYHYNTITDCYQRLEFLGDAILDYLITKHLYEDPRQHS PGVLTDLRSALVNNTIFASLAVKYDYHKYFKAVSPELFHVIDDFVQFQLEKNEMQGMDSEKSFL QMYPVPLCENCLKWNQKLPNLARLRELTTGRSESLWK Download Select all
Length	1829
Uniprot ID	O15554
Ensembl Protein ID	ENSP00000262888

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
Y	Phosphorylation	664;-
Y	Phosphorylation	664;-
S	Phosphorylation	1016
S	Phosphorylation	1016
S	Phosphorylation	1255
S	Phosphorylation	1255
S	Phosphorylation	1160
S	Phosphorylation	1160

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
6895	TARBP2	5446	NP_599150.1	in vitro;in vivo	164 249 071 614 221 000 000 000

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
MicroRNAs in cancer	hsa05206

Structure Information

PDB ID	2EB1
Resolution	2
Method	X-RAY DIFFRACTION
Chains	A,B,C
Molecule	Endoribonuclease Dicer
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
cd02843	886-1008	PAZ_dicer_like
cl00301	886-1008	PAZ superfamily
cd00593	1682-1846	RIBOc
cl00258	1682-1846	RIBOc superfamily
cd15903	271-365	Dicer_PBD
cl17041	271-365	helicase_insert_domain superfamily
cd00593	1296-1376	RIBOc
cl00258	1296-1376	RIBOc superfamily
cd00046	58-209	DEXDc
cl21455	58-209	P-loop_NTPase superfamily
cd00079	444-553	HELICc
cl21455	444-553	P-loop_NTPase superfamily
cd00048	1850-1912	DSRM
cl00054	1850-1912	DSRM superfamily
pfam03368	630-722	Dicer_dimer
cl04028	630-722	Dicer_dimer superfamily
smart00535	1682-1845	RIBOc
cd02825	886-1008	PAZ
smart00949	925-1065	PAZ
smart00535	1296-1387	RIBOc
cd12088	271-362	helicase_insert_domain
pfam00636	1702-1824	Ribonuclease_3
pfam02170	894-1048	PAZ
pfam14622	1679-1826	Ribonucleas_3_3
pfam00636	1313-1366	Ribonuclease_3
cd02844	922-1044	PAZ_CAF_like
pfam00271	499-553	Helicase_C
smart00490	499-553	HELICc
pfam00270	45-221	DEAD
pfam04851	41-207	ResIII
pfam14622	1293-1369	Ribonucleas_3_3
cd02845	928-1038	PAZ_piwi_like
smart00358	1850-1913	DSRM
pfam00035	1853-1912	dsrm
cd00268	28-177	DEADc
COG0571	1666-1918	Rnc
smart00487	40-242	DEXDc
COG1111	37-553	MPH1
TIGR02191	1669-1912	RNaseIII
PRK00102	1666-1915	rnc
PRK13766	37-553	PRK13766
PRK12371	1657-1910	PRK12371
COG0571	1293-1366	Rnc
TIGR02191	1292-1367	RNaseIII
COG1061	42-552	SSL2
PRK00102	1288-1365	rnc
COG0513	445-589	SrmB
COG1204	47-258	BRR2
PRK14718	1666-1919	PRK14718
PRK12371	1300-1344	PRK12371
PRK11192	444-594	PRK11192
PTZ00424	499-578	PTZ00424
PRK12372	1670-1919	PRK12372
PRK10917	502-539	PRK10917
COG1200	501-539	RecG
COG1197	481-532	Mfd
PRK12372	1293-1361	PRK12372
COG0514	494-589	RecQ
TIGR00643	501-541	recG
PRK14718	1293-1361	PRK14718
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TIGR00580	493-532	mfd
COG0556	503-587	UvrB
TIGR00614	497-553	recQ_fam
PLN00206	495-553	PLN00206
PRK04537	499-552	PRK04537
COG4098	483-553	comFA

Ontology Information

HPRD ID	1867
Molecular Class	Ribonuclease
Molecular Function	Transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity (GO:0004714)
Biological Process	Cell communication (GO:0007154); Signal transduction (GO:0007165)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
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Cancer3D GO
COSMIC GO
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Osteosarcoma Database GO
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