CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
HDAC2	3066	histone deacetylase 2	6	RPD3, YAF1

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
23724067	2013	Cell line : - Source : - Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Quantitative RT-PCR	Up-regulation	-	HDAC2 as a novel biomarker of the field effect in early colorectal carcinogenesis.

Gene Details

Chromosome 6 - NC_000006.12 (113936156..113971195, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family
Description	This gene product belongs to the histone deacetylase family. Histone deacetylases act via the formation of large multiprotein complexes, and are responsible for the deacetylation of lysine residues at the N-terminal regions of core histones (H2A, H2B, H3 and H4). This protein forms transcriptional repressor complexes by associating with many different proteins, including YY1, a mammalian zinc-finger transcription factor. Thus, it plays an important role in transcriptional regulation, cell cycle progression and developmental events. Alternative splicing results in multiple transcript variants.
Chromosome	6
Location	6q21
Start	113936156
End	113971195
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815592:c113971195-113936156 Homo sapiens chromosome 6, GRCh38.p2 Primary Assembly AGTGGATGCGCTCACCTCCCTGCGGCCTCCTGAGGTGGTTTGGTGGCCCCCTCCTCGCGAGTTGGTGCCG CTGCCACCTCCGATTCCGAGCTTTCGGCACCTCTGCCGGGTGGTACCGAGCCTTCCCGGCGCCCCCTCCT CTCCTCCCACCGGCCTGCCCTTCCCCGCGGGACTATCGCCCCCACGTTTCCCTCAGCCCTTTTCTCTCCC GGCCGAGCCGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGGAGGAGCCCGGTGGCGGCGGTGGCCGG GGAGCCCATGGCGTACAGTCAAGGAGGCGGCAAAAAAAAAGTCTGCTACTACTACGACGGTGAGCGGCCG GGCCGGTGTCGGGGTGGGCGCGCGGGGCCGGGCGCTGGGTTCCGCGGCTGCCGTCGCGAGTGGGCGCCGG GGCTGAGGGGTGGGAAGGAGGAGGGACCGACATTTGGCCGCATCTTAACCCGTTCCCGGCCCGGCACAGT TAGAACGAGACCCTCTTCCTGGCGCAGCCCCCGCGGTTCCTGCGGGCGGGAATCAGGGGGCCCGCCCGTC TTGTCTCCTGCCTCTCCCCCTTCGGCCGTGCAGTCCGCAGCCTCGAAGGTGGCCGCCGCTGGGGACGGCG CCGGCCTACCCCGCCTTGGTGGTGGCGGCGGCGAAGGGGGCGGCCCATTCTCTCCCTTCTCCCGCCCACC ATTCGTGGCAACGCAGGTTTGGGGTGCCCCGCGTCGGCCTCCTACCCCCTCGACCCGTCCCCCGCGAGGC AAAATTTCTATCCCGGCCTTGACTCTACACAAAGCCCCGCGGCCGCGAGAGCTCCGCCCCTCCCGTCCCC 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CDS Information

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CCDS ID	-

Protein Information

Protein ID	NP_001518.3
Protein Name	histone deacetylase 2
Molecular Wt. (Da)	55233
Protein Sequence	>3066 MAYSQGGGKKKVCYYYDGDIGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKATAEE MTKYHSDEYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAGAVKLNRQ QTDMAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTD RVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNFPMRDGIDDESYGQIFKPIISKVMEMYQPS AVVLQCGADSLSGDRLGCFNLTVKGHAKCVEVVKTFNLPLLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVA LDCEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTPEYMEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQA IPEDAVHEDSGDEDGEDPDKRISIRASDKRIACDEEFSDSEDEGEGGRRNVADHKKGAKKARIE EDKKETEDKKTDVKEEDKSKDNSGEKTDTKGTKSEQLSNP Download Select all
Length	488
Uniprot ID	Q92819
Ensembl Protein ID	ENSP00000306991

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	488
S	Phosphorylation	516
S	Phosphorylation	518
S	Phosphorylation	488
S	Phosphorylation	516
S	Phosphorylation	518
Y	Phosphorylation	398;-
S	Phosphorylation	501
K	Acetylation	169
S	Phosphorylation	292
S	Phosphorylation	331
T	Phosphorylation	385
T	Phosphorylation	399

Enzyme Information

EC	3.5.1.98
Name	histone deacetylase HDAC
Class	Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides
Sysname
Substrate
Product
Reaction (IUBMB)

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
672	BRCA1	218	NP_009231.2	in vitro;in vivo	10220405
864	RUNX3	2565	AAH13362.1	in vitro;in vivo	15138260
991	CDC20	4686	NP_001246.2	in vitro	15388328
999	CDH1	1885	BAA88957.1	in vitro	15388328
1487	CTBP1	4015	NP_001319.1	in vitro;in vivo	1 076 674 511 022 040
1786	DNMT1	532	NP_001124295.1	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	10888872
2287	FKBP3	1743	NP_002004.1	in vitro;in vivo	11532945
3065	HDAC1	3143	NP_004955.2	in vitro;in vivo	15 451 426 952 039 800 000 000
3475	IFRD1	4612	NP_001541.2	in vitro;in vivo	12198164
3621	ING1	3337	NP_005528.3	in vivo	15451426
4084	MXD1	2487	NP_002348.1	in vivo	9150134
5036	PA2G4	3685	NP_006182.2	in vitro	12682367
5467	PPARD	2679	NP_006229.1	in vivo	11867749
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5931	RBBP7	4231	NP_002884.1	in vivo	15451426
5970	RELA	1241	NP_068810.3	in vitro;in vivo	1 213 813 112 419 800
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6667	SP1	1796	NP_612482.2	in vivo	12151407
6670	SP3	3483	NP_003102.1	in vivo	12151407
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6839	SUV39H1	2221	NP_003164.1	in vitro;in vivo	11788710
7153	TOP2A	536	NP_001058.2	in vivo	11062478
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8819	SAP30	4540	NP_003855.1	in vivo	15451426
8932	MBD2	4647	NP_003918.1	in vitro;in vivo	10471499
9112	MTA1	4633	NP_004680.2	in vitro;in vivo	11146623
9425	CDYL	4803	NP_004815.3	in vitro;in vivo	12947414
10320	IKZF1	4318	NP_006051.1	in vitro;in vivo	10357820
22938	SNW1	4340	NP_036377.1	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	10644367
55929	DMAP1	5465	NP_061973.1	in vivo;yeast 2-hybrid	10888872

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Alcoholism	hsa05034
Cell cycle	hsa04110
Chronic myeloid leukemia	hsa05220
Epstein-Barr virus infection	hsa05169
Huntington's disease	hsa05016
Longevity regulating pathway - multiple species	hsa04213
Notch signaling pathway	hsa04330
Pathways in cancer	hsa05200
Thyroid hormone signaling pathway	hsa04919
Transcriptional misregulation in cancer	hsa05202
Viral carcinogenesis	hsa05203

Structure Information

PDB ID	3MAX
Resolution	2.05
Method	X-RAY DIFFRACTION
Chains	A,B,C
Molecule	Histone deacetylase 2
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
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pfam05793	387-476	TFIIF_alpha
COG4547	386-479	CobT2

Ontology Information

HPRD ID	1993
Molecular Class	Transcription regulatory protein
Molecular Function	Transporter activity (GO:0005215)
Biological Process	Transport (GO:0006810)

SNP Information

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Drug Information

Uniprot ID DrugBank ID Name Type
Q92769 DB00227 Lovastatin SmallMoleculeDrug
Q92769 DB00277 Theophylline SmallMoleculeDrug
Q92769 DB00313 Valproic Acid SmallMoleculeDrug
Q92769 DB01223 Aminophylline SmallMoleculeDrug
Q92769 DB01303 Oxtriphylline SmallMoleculeDrug
Q92769 DB02546 Vorinostat SmallMoleculeDrug
Q92769 DB06603 Panobinostat SmallMoleculeDrug

External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

Uniprot ID	DrugBank ID	Name	Type
Q92769	DB00227	Lovastatin	SmallMoleculeDrug
Q92769	DB00277	Theophylline	SmallMoleculeDrug
Q92769	DB00313	Valproic Acid	SmallMoleculeDrug
Q92769	DB01223	Aminophylline	SmallMoleculeDrug
Q92769	DB01303	Oxtriphylline	SmallMoleculeDrug
Q92769	DB02546	Vorinostat	SmallMoleculeDrug
Q92769	DB06603	Panobinostat	SmallMoleculeDrug

ArrayExpress	GO
ICGC	GO
Cancer3D	GO
COSMIC	GO
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TSGene	GO
Tumor Gene Family of Databases	GO
CCDB	GO
G2SBC	GO
Osteosarcoma Database	GO
RCDB	GO

Mechanism	Up-regulation
Biomarker	23724067
Drug Target	-
Biological Process	Regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism