CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
NUP54	53371	Nucleoporin 54kDa	4	-

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
20089989	2010	Cell line : - Source : VU University Medical Center, Amsterdam, The Netherlands. Sample Type : CRC tumor and normal tissue No. of Sample : - Stage : TNM Stage II	Biochemical isolation to nano-LC-MS/MS analysis	Unknown	-	-

Gene Details

Chromosome: 4; NC_000004.11 (77035817..77069655, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	-
Description	The nuclear envelope creates distinct nuclear and cytoplasmic compartments in eukaryotic cells. It consists of two concentric membranes perforated by nuclear pores, large protein complexes that form aqueous channels to regulate the flow of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. These complexes are composed of at least 100 different polypeptide subunits, many of which belong to the nucleoporin family. This gene encodes a member of the phe-gly (FG) repeat-containing nucleoporin subset. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Chromosome	4
Location	4q21.1
Start	76114659
End	76148515
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815594:c76148515-76114659 Homo sapiens chromosome 4, GRCh38.p2 Primary Assembly CTTGGCGCCTTCCGGCCTCTTAGGCTAGGTCAGAAAGGAGGCGGAACTCGGTGATCTGACTGGCGGTTTC CCGGCCGGACTGAGAAGGGGAGCGCGCTGCGCGTCGCAGGAGTAACCTACTTGGTCTCCTGCTTTCGCGA CATGGCCTTCAATTTTGGGGCTCCCTCGGGCACCTCCGGTACCGCTGCAGCCACCGCGGCCCCCGCGGGT GAGTGATCCCCCTAGACCTTCACCCGGGAAGAAGGGGAAGGGTCTGGTCCGCCCCCTCTGTCCGAGACTC TCCGACCTGGGGATCCTGGAATCTCCCGCCGACGCGGAGACTTTAGAGGCATTGGAAAAGGGCGGGCGGC GGCAGAGTGGGCCGAGGCGGCACCCGAGGAGGCCACGGGGGTACTCGGGGTCCCACTAGAAGCTCGCTTG CCGCGCGTGAGTTTCCACAGGGCCCTGGCTTGAGCGGTTCGCTTCCCGCTGCCGGGGAGTCCTACTCAGA GAAATTGGAGGTTGCTTCCCTCTCCCCTTGCCCGAGAACCTCCCTCCCCTCTGCACCTCAGCCTCCTGGA TGGGCGGGAACGCTTGCGTGGTTCCCGCTGCCGGACTCGGCGAGGATAGGGCTGGGGATCCACCGGCACT GCCCATTGACTCCCTTAGTTCCACCCCCGGCCCCCTGTGGTCCTCGCTGTGGGGTTTATCCGTCATGCTT CTTCCATCTGCCCCACCCCACCCCCACTCTGCTTTCTTAAACTGTTTGGAGCAAAACCAGGTTTGTTCAC TTCTGTGAAACCTCCTGCTGATTCTTCTAATCCTTATCTTGCTTTCTTTTCTTTTTCCCTCTCCCCCTTT 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Length	2237

CDS Information

Location	join(142..208,4043..4126,12104..12330,14154..14341, 15797..15993,17232..17286,17767..17860,23760..23867, 30322..30441,30742..30852,33022..33150)
CDS Sequence	>lcl\|NM_001278603.1_cds_NP_001265532.1_1 [gene=NUP54] [protein=nucleoporin p54 isoform 2] [protein_id=NP_001265532.1] [location=142..1521] ATGGCCTTCAATTTTGGGGCTCCCTCGGGCACCTCCGGTACCGCTGCAGCCACCGCGGCCCCCGCGGGTG GGTTTGGAGGATTTGGGACAACATCTACAACTGCAGGTTCTGCATTCAGCTTTTCTGCCCCAACTAACAC AGGCACTACTGCATTAGGTGGTCTCTTCAGTCAGCCTACACAAGCTCCTACCCAGTCCAACCAGCTGATA AATACTGCGAGTGCTCTTTCTGCTCCAACGCTGTTGGGAGATGAGAGAGATGCTATTTTGGCAAAATGGA ATCAACTGCAGGCCTTTTGGGGAACAGGAAAAGGGTATTTCAACAATAATATTCCGCCAGTGGAATTCAC ACAAGAAAATCCCTTTTGCCGATTTAAGGCAGTAGGTTATAGTTGCATGCCCAGTAATAAAGATGAAGAT GGGCTAGTGGTTTTAGTTTTCAACAAAAAAGAAACAGAGATTCGAAGCCAACAACAACAGTTGGTAGAAT CATTGCATAAAGTTTTGGGAGGAAACCAGACCCTTACTGTAAATGTAGAGGGCACTAAAACATTGCCAGA TGATCAGACAGAAGTTGTTATTTATGTTGTTGAGCGTTCGCCAAATGGTACTTCAAGAAGAGTTCCAGCT ACAACGCTATATGCCCATTTTGAACAAGCCAATATAAAAACACAATTGCAGCAACTTGGTGTAACCCTTT CTATGACTAGAACAGAACTTTCTCCTGCACAGATCAAACAGCTTTTACAGAATCCTCCTGCTGGTGTTGA TCCTATTATCTGGGAACAGGCCAAGGTAGATAACCCTGATTCTGAAAAGTTAATTCCTGTACCAATGGTG GGTTTTAAGGAACTTCTCCGAAGACTGAAGGTTCAAGATCAGATGACTAAGCAGCATCAAACCAGATTAG ATATCATATCTGAAGATATTAGTGAGCTACAAAAGAATCAAACTACATCTGTAGCCAAAATTGCACAATA CAAGAGGAAACTCATGGATCTTTCCCATAGAACTTTACAGGTCCTAATCAAACAGGAAATTCAAAGGAAG AGTGGTTATGCCATTCAGGCTGATGAAGAGCAGTTGCGAGTTCAGCTGGATACGATTCAGGGTGAACTAA ATGCACCTACTCAGTTCAAGGGCCGACTAAATGAATTGATGTCTCAAATCAGGATGCAGAATCATTTTGG AGCAGTCAGATCTGAAGAAAGGTATTACATAGATGCAGATCTGTTACGAGAAATCAAGCAGCATTTGAAA CAACAACAGGAAGGCCTTAGCCATTTGATTAGCATCATTAAAGACGATCTAGAAGATATAAAGCTGGTCG AACATGGATTGAATGAAACCATCCACATCAGAGGTGGTGTCTTTAGTTGA Download Select all
CCDS ID	CCDS63998.1

Protein Information

Protein ID	NP_001265532.1
Protein Name	Nucleoporin 54kDa
Molecular Wt. (Da)	50644
Protein Sequence	>53371 MAFNFGAPSGTSGTAAATAAPAGGFGGFGTTSTTAGSAFSFSAPTNTGTTALGGLFSQPTQAPT QSNQLINTASALSAPTLLGDERDAILAKWNQLQAFWGTGKGYFNNNIPPVEFTQENPFCRFKAV GYSCMPSNKDEDGLVVLVFNKKETEIRSQQQQLVESLHKVLGGNQTLTVNVEGTKTLPDDQTEV VIYVVERSPNGTSRRVPATTLYAHFEQANIKTQLQQLGVTLSMTRTELSPAQIKQLLQNPPAGV DPIIWEQAKVDNPDSEKLIPVPMVGFKELLRRLKVQDQMTKQHQTRLDIISEDISELQKNQTTS VAKIAQYKRKLMDLSHRTLQVLIKQEIQRKSGYAIQADEEQLRVQLDTIQGELNAPTQFKGRLN ELMSQIRMQNHFGAVRSEERYYIDADLLREIKQHLKQQQEGLSHLISIIKDDLEDIKLVEHGLN ETIHIRGGVFS Download Select all
Length	459
Uniprot ID	P09038
Ensembl Protein ID	ENSP00000477134

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	282
T	Phosphorylation	284
T	Phosphorylation	286
T	Phosphorylation	416

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
6745	SSR1	2924	NP_003135.2	in vivo	8707840
11007	CCDC85B	16101	NP_006839.2	yeast 2-hybrid	16189514

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
RNA transport	hsa03013

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
pfam13874	299-439	Nup54
cl16445	299-439	Nup54 superfamily
PRK04863	335-457	mukB
COG1196	331-489	Smc

Ontology Information

HPRD ID	2951
Molecular Class	Transport/cargo protein
Molecular Function	Growth factor activity (GO:0008083)
Biological Process	Cell communication (GO:0007154); Signal transduction (GO:0007165)

SNP Information

View SNP Geneview Report

Drug Information

No matching records could be found.

External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
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CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
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