CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
SDCBP	6386	Syndecan binding protein (syntenin)	8	ST1; SYCL; MDA-9; TACIP18

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
20077526	2010	Cell line : - Source : Department of Pathology of Wrocaw Medical University Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Gene-annotation enrichment analysis of DAVID, Geneclip and Immunohistochemistry	Unknown	-	LYN, SDCBP, MAP4K4, DKK1, and MID1 are closely correlated with lymph node metastasis in CRC patients. 181 CRC clinical samples were included in this study. SW480 cells line were used.
22968445	2012	Cell line : - Source : - Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Laser capture microdissection,FFPE-FASP,SAX fractionation,LC-MSMS,Label-free quantitation.	Up-regulation	4.1	-

Gene Details

Chromosome: 8; NC_000008.10 (59465728..59495419)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	-
Description	The protein encoded by this gene was initially identified as a molecule linking syndecan-mediated signaling to the cytoskeleton. The syntenin protein contains tandemly repeated PDZ domains that bind the cytoplasmic, C-terminal domains of a variety of transmembrane proteins. This protein may also affect cytoskeletal-membrane organization, cell adhesion, protein trafficking, and the activation of transcription factors. The protein is primarily localized to membrane-associated adherens junctions and focal adhesions but is also found at the endoplasmic reticulum and nucleus. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Chromosome	8
Location	8q12
Start	58553169
End	58582860
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815590:58553169-58582860 Homo sapiens chromosome 8, GRCh38.p2 Primary Assembly GGCTGAAGGCGGGGGCGGTGCCATGACGCGCCTCGGGGGCGGTCCTCGGGCGCGCACCGCTCTCTTACAC TCGGGCCTCAGAAGTCCGTGCCAGTGACCGGAGGCGGCGGCGGCGAGCGGTTCCTTGTGGGCTAGGTGAG AGGCCAAGGGGGCAAGGAGGGACGCCGGTGCCAGGTCCCGGGCGCGGGGACTTGGGGCAGAGGTGTGACG GTCCCTGGGCCACTTCACAGACTGCATCCTGGTCGCAGCCGTTTTCGCGAGGCAGCGGCGACGCCCTCTC CTCAGGGGGCTCCGCGCCCCTCCCTGCGCCCTGCTGGCTGGGGGGGCAAGTTTGCGGGAGCAGCGCGCTC TTCCTGCCGCGACCCCGCGCGTTTCGGGTTCCTGCCCGGGCTGGGGCTGGGGCTGGGGCTGGGGCTGGGG CTGGCAGAGCCCGGAGGCCCGGCTGGGTGAACGCCTTCAGCCCCCGCCCCAGCTCTGGGGTTCTTCCTGG GACCGTCTCTCGATCCTTGTTTTCTCCTCGATAAGATCTCGACATAAGAAAGAGCCTCTGGCCACGGTTC CTCCCAGTGCTCGGCGTTTCTAGGGCTGTGCTTAATCGCCCTTCTTTTGGGTTATTCGGAAAGTCCTGGA TTTGAAAGGAGGAAGGAAGTGTTTGTTTATTGGGCGAAGCCTTGACTTTTTTGGAAGGGGGTGGGGAGAG GTTGTTCGCTTTGAGCTTTTTCCTGGAGAAGTTGGACCTGAGGGAGAAACGTTTCCAGTAGGGTGTGTTT AGAAGGAAATACCCCTGAGATCTGACCCCTGAGATATGATGACTCAGAGCCTTCCTTTCAGGATTTCCTT 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Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

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T	Phosphorylation	181
T	Phosphorylation	186
T	Phosphorylation	186
T	Phosphorylation	206
T	Phosphorylation	206
T	Phosphorylation	200
T	Phosphorylation	205
T	Phosphorylation	205
S	Phosphorylation	2
S	Phosphorylation	2
S	Phosphorylation	2
S	Phosphorylation	2
S	Phosphorylation	2

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
1947	EFNB1	2072	NP_004420.1	in vitro;in vivo	9920925
1948	EFNB2	2754	NP_004084.1	in vitro	10473577
2890	GRIA1	695	NP_000818.2	in vitro;yeast 2-hybrid	11891216
2892	GRIA3	2378	NP_000819.3	in vitro;yeast 2-hybrid	11891216
2893	GRIA4	694	NP_000820.3	in vitro;yeast 2-hybrid	11891216
2897	GRIK1	693	NP_000821.1	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	12597860
2898	GRIK2	692	NP_068775.1	in vitro;yeast 2-hybrid	12597860
2913	GRM3	3070	NP_000831.2	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	11891216
3568	IL5RA	998	NP_000555.2	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	11498591
5795	PTPRJ	2955	NP_002834.3	in vivo	12403354
5868	RAB5A	1542	NP_004153.2	in vitro;in vivo	15014045
6382	SDC1	1718	NP_002988.3	in vivo	11179419
6383	SDC2	803	NP_002989.2	in vitro	9391086
6659	SOX4	1695	NP_003098.1	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	11498591
6804	STX1A	1721	NP_004594.1	in vitro;in vivo	15276154
9152	SLC6A5	8378	NP_004202.2	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	15276154
29062	WDR91	11035	NP_054868.3	yeast 2-hybrid	16169070

Pathway Information

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Structure Information

PDB ID	1N99
Resolution	1.94
Method	X-RAY DIFFRACTION
Chains	A,B
Molecule	Syntenin 1
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
cd00992	112-191	PDZ_signaling
cl00117	112-191	PDZ superfamily
cd00992	196-269	PDZ_signaling
cl00117	196-269	PDZ superfamily
cd00136	123-191	PDZ
smart00228	112-194	PDZ
cd00988	123-200	PDZ_CTP_protease
smart00228	196-271	PDZ
pfam00595	114-191	PDZ
cd00990	126-200	PDZ_glycyl_aminopeptidase
cd00989	138-200	PDZ_metalloprotease
pfam00595	198-270	PDZ
cd00136	209-269	PDZ
pfam13180	123-164	PDZ_2
cd00988	217-269	PDZ_CTP_protease
cd00987	129-201	PDZ_serine_protease
COG0793	125-249	CtpA
TIGR00225	125-200	prc
PRK10942	59-269	PRK10942
COG0793	217-272	CtpA
TIGR02860	125-259	spore_IV_B
COG3975	126-231	COG3975
TIGR02037	127-164	degP_htrA_DO
COG0265	74-200	DegQ
PRK10139	59-270	PRK10139

Ontology Information

HPRD ID	484
Molecular Class	Adapter molecule
Molecular Function	Catalytic activity (GO:0003824)
Biological Process	Metabolism (GO:0008152); Energy pathways (GO:0006091)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
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Cancer3D GO
COSMIC GO
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TSGene GO
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CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
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