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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
VNN1	8876	vanin 1	6	Tiff66

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
24687856	2014	Cell line : - Source : - Sample Type : CRC tumor and normal tissue No. of Sample : 505 colorectal cancer specimens Stage : -	RT-PCR	Up-regulation	-	VNN1-AB was not present in any of the 43 normal colorectal tissue samples investigated, but in 5 of the 6 polyps, and 102 of the 136 (75%) colorectal cancers. Novel transcript of the VNN1 gene, with an organ-confined complete specificity for colorectal neoplasia.

Gene Details

Chromosome 6 - NC_000006.12 (132680858..132714055, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	Vanins
Description	This gene encodes a member of the vanin family of proteins, which share extensive sequence similarity with each other, and also with biotinidase. The family includes secreted and membrane-associated proteins, a few of which have been reported to participate in hematopoietic cell trafficking. No biotinidase activity has been demonstrated for any of the vanin proteins, however, they possess pantetheinase activity, which may play a role in oxidative-stress response. This protein, like its mouse homolog, is likely a GPI-anchored cell surface molecule. The mouse protein is expressed by the perivascular thymic stromal cells and regulates migration of T-cell progenitors to the thymus. This gene lies in close proximity to, and in the same transcriptional orientation as, two other vanin genes on chromosome 6q23-q24.
Chromosome	6
Location	6q23-q24
Start	132680858
End	132714055
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815592:c132714055-132680858 Homo sapiens chromosome 6, GRCh38.p2 Primary Assembly AGCACTCATTGGACTTCAGCATGACTACTCAGTTGCCAGCTTACGTGGCAATTTTGCTTTTCTATGTCTC AAGAGCCAGCTGCCAGGACACTTTCACTGCAGCTGTTTATGAGCATGCAGCGATATTGCCCAATGCCACC CTAACACCAGTGTCTCGTGAGGAGGCTTTGGCATTAATGAATCGGAATCTGGACATTTTGGAAGGAGCGA TCACATCAGCAGCAGATCAGGTACCATCTCTACCATCTCTCCAGTGTACTGGATTCTATGAGAAAGGAGG GGGTCCTAGGAGACAGGGCCACTGTCAGGGTCAGTTACACTTTTAGATGATATATGTATCAGAGTAGCCA AGAACCTTTATTTTACAGTTAGAATTCTACTTTCCTCTCAAAATTAGAGCAAGGACTTCCCTAAAAGTAA GAACAAAGTTAAGAAAAGAACAATTTGCTCATTATCAAGAAGCAGCAGACCTTTGAGGAACTGGCCATAA ATTCAACATCTTTGTTCCCCTTTTCTGGTACAGATGGAGGATGGAGGATAAATGGGTCAGGGACTAGGTG CTATTTTCAGAGTATTAGTGGCCTTCATGTACTCATGTGCTATTAAGGCTTTGCAGGTTTTCGAATAAAT TTATAATCTGAAAACAAATTTAAGTTTTCAATTCCTTGCCAGCATGCATTATATACTTCACACTTCATTC TAATTACAAGATAAAAGTATATGTAATGCATTGTGAGTCCTTAAGTTTAGTGAAGGTTTCAGTTTGAAGT TAATCATACAGTATAAATTGTGGTTTACACAAATATTATTTTAAAAGCTATTGATCGATTAGGTGTAGAC 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mRNA Sequence	>8876 AGCACTCATTGGACTTCAGCATGACTACTCAGTTGCCAGCTTACGTGGCAATTTTGCTTTTCTA TGTCTCAAGAGCCAGCTGCCAGGACACTTTCACTGCAGCTGTTTATGAGCATGCAGCGATATTG CCCAATGCCACCCTAACACCAGTGTCTCGTGAGGAGGCTTTGGCATTAATGAATCGGAATCTGG ACATTTTGGAAGGAGCGATCACATCAGCAGCAGATCAGGGTGCGCATATTATTGTGACTCCAGA AGATGCTATTTATGGCTGGAACTTCAACAGGGACTCTCTCTACCCATATTTGGAGGACATCCCA GACCCTGAAGTAAACTGGATCCCCTGTAATAATCGTAACAGATTTGGCCAGACCCCAGTACAAG AAAGACTCAGCTGCCTGGCCAAGAACAACTCTATCTATGTTGTGGCAAATATTGGGGACAAGAA GCCATGCGATACCAGTGATCCTCAGTGTCCCCCTGATGGCCGTTACCAATACAACACTGATGTG GTATTTGATTCTCAAGGAAAACTGGTGGCACGCTACCATAAGCAAAACCTTTTCATGGGTGAAA ATCAATTCAATGTACCCAAGGAGCCTGAGATTGTGACTTTCAATACCACCTTTGGAAGTTTTGG CATTTTCACATGCTTTGATATACTCTTCCATGATCCTGCTGTTACCTTGGTGAAAGATTTCCAC GTGGACACCATAGTATTCCCAACAGCTTGGATGAATGTTTTGCCACATTTGTCAGCTGTTGAAT TCCACTCAGCTTGGGCTATGGGCATGAGGGTCAATTTCCTTGCATCCAACATACATTACCCCTC AAAGAAAATGACAGGAAGTGGCATCTATGCACCCAATTCTTCAAGAGCATTTCATTATGATATG AAGACAGAAGAGGGAAAACTCCTCCTCTCGCAACTGGATTCCCACCCATCCCATTCTGCAGTGG TGAACTGGACTTCCTATGCCAGCAGTATAGAAGCGCTCTCATCAGGAAACAAGGAATTTAAAGG CACTGTCTTTTTCGATGAATTCACTTTTGTGAAGCTCACAGGAGTTGCAGGAAATTATACAGTT TGTCAGAAAGATCTCTGCTGTCATTTAAGCTACAAAATGTCTGAGAACATACCAAATGAAGTGT ACGCTCTAGGGGCATTTGACGGACTGCACACTGTGGAAGGGCGCTATTATCTACAGATTTGTAC CCTGTTGAAATGTAAAACGACTAATTTAAACACTTGCGGTGACTCAGCTGAAACAGCTTCTACC AGGTTTGAAATGTTCTCCCTCAGTGGCACTTTCGGAACCCAGTATGTCTTTCCTGAGGTGTTGC TGAGTGAAAATCAGCTTGCACCTGGAGAATTTCAGGTGTCAACTGACGGACGCTTGTTTAGTCT GAAGCCAACATCCGGACCTGTCTTAACAGTAACTCTGTTTGGGAGGTTGTATGAGAAGGACTGG GCATCAAATGCTTCATCAGGCCTCACAGCACAAGCAAGAATAATAATGCTAATAGTTATAGCAC CTATTGTATGCTCATTAAGTTGGTAGAATATTGACTTTTTCTCTTTTTTATTTGGGATAATTTA AAAAATGATGGATGAGAAAAGAAAGATTGGTCCGGGTTAATATTATCCTCTAGTATAAGTGAAT TACTAGTTTCTCTTTATTTAGACAAACACACACACACCAGATAATATAAACTTAATAAATTATC TGTTAATGTAGATTTTATTTAAAAAACTATATTTGAACATTGGTCTTTCTTGGACGTGAGCTAA TTATATCAAATAAGTATCACAAATCTTTTACGCAGAAGAAATAAAAACTACGGGTAGAAAACAT AAGAACTATCATAAAATTTACTTACAAGGAGGCTGCTCTTGTTACCACTTTTATTATATTACGT ATCACTTATTCAGCTCTGCTGAAAATTTCCAATGACTTTGTTTGTTTGCTCTTTTTGTTTTTTA CCTAAACAATACATTTTGATTCTCTTGTGGGTTGATAATGTCTCCCCAAAATTTACATGTTGAA GCACCTCAGAATGTGACTGTATTTGGAGACAGGGTCTTTAAAGAGGTAAAATAAGGTCATTAGG ATAGACCCTAATTCAATATGACTGATGATCATAAAAGAAGAGGCGAGTAGGGCACAACAGGCAC AAAGGGAGACCATAAGGAGACACAGAGGAAGGACAACTCTTTACAAGCTAAGAAGAGAGGGCCT CAGAAGAAACCAACCCTGCCAACACCTTGATCTTGGACTTCCAGCCTCCAAAACTATGAGAAAT AAATTTCTATTGTTTAAGTCACCCAGTCCATGGTACTTTGTTAGGCAGCCCTGGCAAATGAATC AAAGACCCATTCCTGTTCCTCTCCCCACCACTACTGTTTTCTACTGTAATCTGAAGCTTCAACA AAAGGCTTACCTGGTAAGAATATTCAGCTGGTCTGGGTCCTCAAGACTCCAATAGACACTCTTA GAGAAGGATTGCTGATGGATTGATAGTGAAACCATTAGATCATTGAATTCCTCTGGAATTAGAA AACCAGAGAGTCCCATTTTAAGAAATTAGATATTTAATATAGCATTGTGTGTTCTATTTTAGTA ACAGCAGAATCTCTTGACATTACACAACTCAGTGAAACAACATCATTTAAGCCAAAATATCTCC CAACTGACTGATAGACTCTGAGCACTAATATCATAGTGCTGTGATGATGGACAATTACATAGTA CCGATAACAGCCATGCACTGTGCAAAGCATGCCCTTCTGCACAGGAGAGCAAGGCACTTGCAGT AGTGATCTATGCCAGCAAAACATCATTTTGAGACAAACATTTTTGTGGCAGATGTTTTTCCTAA AAAGTACTATATCATCCAAGAAATATTTGAGTAAAATCCCTTGTTCTTTTGGGTGACATTAACT GACATTTGCTTTTTTTCAAGACCTAATAGAAAATAAGAAAGCCCATAATGTATTTAGAAACAGG AATCCTCAGAGCAATTCTCTGTATTCTCATATAATTTCAATGTAAAACAGAAAACATATTGATG TGTTGGTGATAGGCTTGAATTATTAAAAACTTCAAAAACATCCTAAGTGTTTCTTTTTTGCTCA ACGTTGTCAACTATAGTAGGTCTCCCTTGTGGTGTAATGAATTGCCCCCAAACTATTATCTTAA AACAACAAACATTTATTATCTTATAGCATTTCTGAGGGTCAGGATCTGGGACTGGCTTAGTGGA GTTGTTCTGGATCAGGGCCTTTGGAAAGTTGTAGTTAACTTGTCCCCAGGGCTGCCATCATCTC AAGGCTCGGGTGGGGCTGGAGAAAATCTGCTTCTCAGCTCACTCACGGCGGTTGCCAGGCCTCC ATTCTTTAGGATGCTAGAAAAACTTTCATAAAATGTCATCTGGCTTCTCCTAGAGCAATGATAC TGAGAGAGAAAGCACATGAGAGAAAGAGCGAGGGAACTTGGATGTAAGCCACAGTCTTTGAAAA CCTAATCACAGAAGTGACATCTCTTCTTCCACATGATGTTGGTCACATGGACCAACAATGGCAC AACGTGGACAGAATCAAACAGAGTTGAGAATATCAGGAGGTGGGGCTTCATGGGGGCCATTTTG GATGCTATCATAGTGAATATATGTATTTATATTTATATCTGTATATATTGCAATGTAATTTAAA AAATAGGATTGTTTTCCTTTTCTTTTTGCTATATGTGATATGTATTTCAAAATACACTCCCAAT AGTTACGTCTGAAAAGCACTACACTAAAAAACTTTCTATACATTGAATAATTAAATTAAATAAT CTAA Download Select all
Length	3844

CDS Information

Location	join(21..230,2217..2347,19874..20066,20741..21032, 21472..21833,29551..29721,30734..30916)
CDS Sequence	>lcl\|NM_004666.2_cds_NP_004657.2_1 [gene=VNN1] [protein=pantetheinase precursor] [protein_id=NP_004657.2] [location=21..1562] ATGACTACTCAGTTGCCAGCTTACGTGGCAATTTTGCTTTTCTATGTCTCAAGAGCCAGCTGCCAGGACA CTTTCACTGCAGCTGTTTATGAGCATGCAGCGATATTGCCCAATGCCACCCTAACACCAGTGTCTCGTGA GGAGGCTTTGGCATTAATGAATCGGAATCTGGACATTTTGGAAGGAGCGATCACATCAGCAGCAGATCAG GGTGCGCATATTATTGTGACTCCAGAAGATGCTATTTATGGCTGGAACTTCAACAGGGACTCTCTCTACC CATATTTGGAGGACATCCCAGACCCTGAAGTAAACTGGATCCCCTGTAATAATCGTAACAGATTTGGCCA GACCCCAGTACAAGAAAGACTCAGCTGCCTGGCCAAGAACAACTCTATCTATGTTGTGGCAAATATTGGG GACAAGAAGCCATGCGATACCAGTGATCCTCAGTGTCCCCCTGATGGCCGTTACCAATACAACACTGATG TGGTATTTGATTCTCAAGGAAAACTGGTGGCACGCTACCATAAGCAAAACCTTTTCATGGGTGAAAATCA ATTCAATGTACCCAAGGAGCCTGAGATTGTGACTTTCAATACCACCTTTGGAAGTTTTGGCATTTTCACA TGCTTTGATATACTCTTCCATGATCCTGCTGTTACCTTGGTGAAAGATTTCCACGTGGACACCATAGTAT TCCCAACAGCTTGGATGAATGTTTTGCCACATTTGTCAGCTGTTGAATTCCACTCAGCTTGGGCTATGGG CATGAGGGTCAATTTCCTTGCATCCAACATACATTACCCCTCAAAGAAAATGACAGGAAGTGGCATCTAT GCACCCAATTCTTCAAGAGCATTTCATTATGATATGAAGACAGAAGAGGGAAAACTCCTCCTCTCGCAAC TGGATTCCCACCCATCCCATTCTGCAGTGGTGAACTGGACTTCCTATGCCAGCAGTATAGAAGCGCTCTC ATCAGGAAACAAGGAATTTAAAGGCACTGTCTTTTTCGATGAATTCACTTTTGTGAAGCTCACAGGAGTT GCAGGAAATTATACAGTTTGTCAGAAAGATCTCTGCTGTCATTTAAGCTACAAAATGTCTGAGAACATAC CAAATGAAGTGTACGCTCTAGGGGCATTTGACGGACTGCACACTGTGGAAGGGCGCTATTATCTACAGAT TTGTACCCTGTTGAAATGTAAAACGACTAATTTAAACACTTGCGGTGACTCAGCTGAAACAGCTTCTACC AGGTTTGAAATGTTCTCCCTCAGTGGCACTTTCGGAACCCAGTATGTCTTTCCTGAGGTGTTGCTGAGTG AAAATCAGCTTGCACCTGGAGAATTTCAGGTGTCAACTGACGGACGCTTGTTTAGTCTGAAGCCAACATC CGGACCTGTCTTAACAGTAACTCTGTTTGGGAGGTTGTATGAGAAGGACTGGGCATCAAATGCTTCATCA GGCCTCACAGCACAAGCAAGAATAATAATGCTAATAGTTATAGCACCTATTGTATGCTCATTAAGTTGGT AG Download Select all
CCDS ID	CCDS5159.1

Protein Information

Protein ID	NP_004657.2
Protein Name	vanin 1
Molecular Wt. (Da)	54682
Protein Sequence	>8876 MTTQLPAYVAILLFYVSRASCQDTFTAAVYEHAAILPNATLTPVSREEALALMNRNLDILEGAI TSAADQGAHIIVTPEDAIYGWNFNRDSLYPYLEDIPDPEVNWIPCNNRNRFGQTPVQERLSCLA KNNSIYVVANIGDKKPCDTSDPQCPPDGRYQYNTDVVFDSQGKLVARYHKQNLFMGENQFNVPK EPEIVTFNTTFGSFGIFTCFDILFHDPAVTLVKDFHVDTIVFPTAWMNVLPHLSAVEFHSAWAM GMRVNFLASNIHYPSKKMTGSGIYAPNSSRAFHYDMKTEEGKLLLSQLDSHPSHSAVVNWTSYA SSIEALSSGNKEFKGTVFFDEFTFVKLTGVAGNYTVCQKDLCCHLSYKMSENIPNEVYALGAFD GLHTVEGRYYLQICTLLKCKTTNLNTCGDSAETASTRFEMFSLSGTFGTQYVFPEVLLSENQLA PGEFQVSTDGRLFSLKPTSGPVLTVTLFGRLYEKDWASNASSGLTAQARIIMLIVIAPIVCSLS W Download Select all
Length	513
Uniprot ID	P14902
Ensembl Protein ID	ENSP00000430950

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Glycosyl phosphatidyl inositol GPI	486
N	Glycosylation	283

Enzyme Information

EC	3.5.1.92
Name	pantetheine hydrolase pantetheinase vanin vanin-1
Class	Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides
Sysname	(R)-pantetheine amidohydrolase
Substrate	(R)-pantetheine [CPD:C00831]; H2O [CPD:C00001]
Product	(R)-pantothenate [CPD:C00864]; 2-aminoethanethiol [CPD:C01678]
Reaction (IUBMB)

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

No matching records from HPRD source could be found.

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Pantothenate and CoA biosynthesis	hsa00770

Structure Information

PDB ID	4CYF
Resolution	2.25
Method	X-RAY DIFFRACTION
Chains	A, B
Molecule	PANTETHEINASE
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
cd07567	25-330	biotinidase_like
cl11424	25-330	nitrilase superfamily
cd07197	53-239	nitrilase
cd07572	55-216	nit
COG0388	55-305	YafV
cd07583	56-216	nitrilase_5
pfam00795	56-237	CN_hydrolase
cd07581	55-238	nitrilase_3
cd07578	47-239	nitrilase_1_R1
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cd07584	55-238	nitrilase_6
cd07576	56-239	R-amidase_like
cd07573	55-268	CPA
cd07577	56-244	Ph0642_like
PLN02798	154-216	PLN02798
cd07585	54-213	nitrilase_7
cd07574	57-216	nitrilase_Rim1_like
cd07566	53-243	ScNTA1_like
cd07582	45-258	nitrilase_4
cd07565	43-194	aliphatic_amidase
cd07564	57-178	nitrilases_CHs
PLN02504	57-178	PLN02504
cd07568	57-223	ML_beta-AS_like

Ontology Information

HPRD ID	5021
Molecular Class	Enzyme: Hydrolase
Molecular Function	DNA repair protein (GO:0003685)
Biological Process	Apoptosis (GO:0006915)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

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