CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
CTNNB1	1499	Catenin (cadherin-associated protein), beta 1, 88kDa	3	CTNNB; MRD19; armadillo

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
22810696	2012	Cell line : - Source : VU University Medical Center, Amsterdam, The Netherlands. Sample Type : CRC tumor and Normal tissue No. of Sample : - Stage : -	-	Stabilization	-	-
22894902	2012	Cell line : - Source : - Sample Type : CRC tumor and Normal tissue No. of Sample : 51 tumours, including 26 polypoid tumours and 25 ulcerative tumours Stage : -	-	Stabilization	-	B-catenin directly regulates the expression of the hTERT gene. The majority of colorectal cancers (CRCs) are characterized by a dysregulated canonical Wnt-signaling pathway leading to the stabilization and subsequent cellular increase and accumulation of B-catenin.
23033009	2012	Cell line : - Source : - Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Immunostaining, immunoblotting, realtime RT-PCR, siRNA-mediated B-catenin knockdown .	Unknown	-	B-catenin employs a two-pronged approach to inhibiting prostaglandin turnover during colorectal neoplasia by repressing PGT expression in addition to 15-PGDH. B-catenin knockdown in vitro increases PGT expression in both colorectal adenoma- and carcinoma-derived cell lines, as does dnTCF4 induction in LS174T cells. LS174T cells and B-catenin(-/lox)-villin-cre-ERT2 mouse tissue.
20089989	2010	Cell line : LS174T Source : - Sample Type : Mouse tumor tissue No. of Sample : - Stage : -	Biochemical isolation to nano-LC-MS/MS analysis.	Up-regulation	-	This genes are differenitially expressed between colorectal adenoma and Colorectal cancer tissue. CRC tissue was collected at the VU University Medical Center, Amsterdam, The Netherlands.
11953860	2002	Cell line : - Source : - Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Immunohistochemistry, SSCP	Up-regulation	-	A significant relationship of nuclear beta-catenin expression with ulcerative colorectal cancer was found. Nuclear expression of beta-catenin was observed in 18 out of 25 (72%) cases of ulcerative colorectal cancer and seven out of 26 (26.9%) cases of polypoid colorectal cancer.
23216017	2013	Cell line : - Source : - Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Immunohistochemistry	Up-regulation	-	Lung microenvironment promotes nuclear localization of B-catenin, suggesting that the Wnt signaling pathway is relatively active highly in CRC metastasized to lung, when compared with liver or colon. Nuclear localization of stable b-catenin occurs. The human biopsies of adenocarcinomas in colon and CRC liver and lung metastases were analyzed.
16289386	2005	Cell line : - Source : - Sample Type : CRC tumor and Normal tissue No. of Sample : 231 colonic tissues including 97 adenocarcinomas, 85 adenomas and 49 non-neoplastic colons Stage : TNM Stage I-III	-	Up-regulation	-	A screening panel of CYP1B1 in combination with nuclear beta-catenin was the most suitable marker pair to screen for colorectal carcinoma based on this study. Expressions of CYP1B1, p53, nuclear beta-catenin and bcl-2 were significantly associated with colorectal carcinogenesis (p<0.01 for the trend test). The overexpression rates for CYP1B1, p53, nuclear beta-catenin and bcl-2 were significantly higher in the adenoma and carcinoma groups than in the non-neoplastic colon group (p<0.05).

Gene Details

Chromosome: 3; NC_000003.11 (41240942..41281939)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	Armadillo repeat containing
Description	The protein encoded by this gene is part of a complex of proteins that constitute adherens junctions (AJs). AJs are necessary for the creation and maintenance of epithelial cell layers by regulating cell growth and adhesion between cells. The encoded protein also anchors the actin cytoskeleton and may be responsible for transmitting the contact inhibition signal that causes cells to stop dividing once the epithelial sheet is complete. Finally, this protein binds to the product of the APC gene, which is mutated in adenomatous polyposis of the colon. Mutations in this gene are a cause of colorectal cancer (CRC), pilomatrixoma (PTR), medulloblastoma (MDB), and ovarian cancer. Three transcript variants encoding the same protein have been found for this gene.[provided by RefSeq, Oct 2009]
Chromosome	3
Location	3p21
Start	41199451
End	41240448
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815595:41199451-41240448 Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p2 Primary Assembly AGGATACAGCGGCTTCTGCGCGACTTATAAGAGCTCCTTGTGCGGCGCCATTTTAAGCCTCTCGGTCTGT GGCAGCAGCGTTGGCCCGGCCCCGGGAGCGGAGAGCGAGGGGAGGCGGAGACGGAGGAAGGTCTGAGGAG CAGCTTCAGTCCCCGCCGAGCCGCCACCGCAGGTCGAGGACGGTCGGACTCCCGCGGCGGGAGGAGCCTG TTCCCCTGAGGTGCTTGGGCGCTCCTTTCCTTATCCTTCCGGGGCTGCTCCCGCTTCCTCTCGGAGCCAA ACTTCGTAGCAGGCGCGCGGTCCGGGCGGCGGGCTGGGCGCAGCCGGGAGGCCTGGGGTTGGGAGCGGGG AGCTCAGGTGGGGGACGGTGAGGGTGGGCCGCGCCCGGGGCGCGGAGGGCGGCGGCCGGGCCCGGGTTCC GGTCGCGCTGCCTCTCTGGGGCCCTGGGGGCATCGCTTGCGGGGAGGGGGCGCCGCGGGGGCGCGTACAG GAGCCCGGATGGCAGGCGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTCTGTGGTTTCCGTCCGGGGCTCTGGCCTTG GCCGAGTTTGGGGGAGGGACCCGGTGCCTCGGGATGCGCCGGGCCCTGGGTGGGGGGCGGGGTGGGGACG GGGGGCTCCGCCTTCTCAGCTCTTGCGGCGAGTTGGGGTTCGGGCGCTGAGGCAGAGACGCCACCCTAAG TCCCATCAGTCCTGGGGATCGGACCAGTGGACTTTCTCTTAAGATTTCCTCTTTCATTCTTAAGAATAGA AGTGTTATTATTTTTTTTAATGCCCTGGCTATGTGAGTTTGAATCGAAGCAACTTTAAACCTTAGAGCAA 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Protein Information

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Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
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T	Phosphorylation	112
S	Phosphorylation	29
T	Phosphorylation	393
T	Phosphorylation	102
T	Phosphorylation	112
S	Phosphorylation	29
Y	Phosphorylation	142
Y	Phosphorylation	142
Y	Phosphorylation	654
Y	Phosphorylation	86
K	Acetylation	49
S	Phosphorylation	45
S	Phosphorylation	45
S	Phosphorylation	33
S	Phosphorylation	37
T	Phosphorylation	41
S	Phosphorylation	675
S	Phosphorylation	45
S	Phosphorylation	675;-
S	Phosphorylation	675;-
S	Phosphorylation	552;-
S	Phosphorylation	552;-
S	Phosphorylation	552;-
T	Phosphorylation	556
T	Phosphorylation	556
T	Phosphorylation	556
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T	Phosphorylation	551
T	Phosphorylation	551
S	Phosphorylation	191
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S	Phosphorylation	191
T	Phosphorylation	574
T	Phosphorylation	574
T	Phosphorylation	574

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
1000	CDH2	226	NP_001783.2	in vitro	121 515 221 260 461 000 000 000
1001	CDH3	227	NP_001784.2	in vivo	1 188 907 282 272 140 000 000 000 000 000
1013	CDH15	225	NP_004924.1	in vitro	9545347
1021	CDK6	4533	NP_001250.1	in vitro;in vivo	17208333
1495	CTNNA1	285	NP_001894.2	in vitro	770 641 491 109 939 000 000
2033	EP300	4078	NP_001420.2	in vitro;in vivo	15060161
2308	FOXO1	645	NP_002006.2	yeast 2-hybrid	15905404
3091	HIF1A	4517	NP_001521.1	in vitro;in vivo	17220880
4092	SMAD7	4241	NP_005895.1	in vivo	15684397
4233	MET	1280	NP_001120972.1	in vivo	11929826
4303	FOXO4	2070	NP_005929.2	in vivo	15905404
4790	NFKB1	1238	NP_003989.2	in vivo	15829968
5347	PLK1	3652	NP_005021.2	in vitro	19001871
5494	PPM1A	16199	NP_808821.2	in vivo	10644691
5663	PSEN1	87	NP_000012.1	in vitro;in vivo	9 738 936 100 925 850 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000
5664	PSEN2	2860	NP_000438.2	in vivo	10037471
6256	RXRA	1577	NP_002948.1	in vivo	12771132
6299	SALL1	3742	NP_002959.2	in vivo	15158448
6656	SOX1	3687	NP_005977.2	in vivo	15110721
7048	TGFBR2	1823	NP_001020018.1	in vivo	12000714
9223	MAGI1	4020	NP_001028229.1	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	10772923
9372	ZFYVE9	4782	NP_004790.2	yeast 2-hybrid	15231748
10856	RUVBL2	16070	NP_006657.1	in vivo	15829968
30851	TAX1BP3	18160	NP_055419.1	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	12874278
57680	CHD8	16712	NP_065971.2	in vitro	11744694
123169	LEO1	11231	NP_620147.1	in vivo	16630820
283149	BCL9L	10612	NP_872363.1	in vivo;yeast 2-hybrid	15574752

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Adherens junction	hsa04520
Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC)	hsa05412
Bacterial invasion of epithelial cells	hsa05100
Basal cell carcinoma	hsa05217
Colorectal cancer	hsa05210
Endometrial cancer	hsa05213
Focal adhesion	hsa04510
Hippo signaling pathway	hsa04390
HTLV-I infection	hsa05166
Leukocyte transendothelial migration	hsa04670
Melanogenesis	hsa04916
Pathogenic Escherichia coli infection	hsa05130
Pathways in cancer	hsa05200
Prostate cancer	hsa05215
Proteoglycans in cancer	hsa05205
Rap1 signaling pathway	hsa04015
Signaling pathways regulating pluripotency of stem cells	hsa04550
Thyroid cancer	hsa05216
Thyroid hormone signaling pathway	hsa04919
Tight junction	hsa04530
Wnt signaling pathway	hsa04310

Structure Information

PDB ID	1G3J
Resolution	2.1
Method	X-RAY DIFFRACTION
Chains	A,C
Molecule	BETA-CATENIN ARMADILLO REPEAT REGION
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
cd00020	399-518	ARM
cl22454	399-518	ARM superfamily
cd00020	229-348	ARM
cl22454	229-348	ARM superfamily
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cl22454	484-623	ARM superfamily
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cl22454	108-222	ARM superfamily
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cl22454	589-668	ARM superfamily
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cl22454	350-390	ARM superfamily
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pfam00514	230-262	Arm
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pfam00514	431-473	Arm
smart00185	431-473	ARM
COG5064	142-431	SRP1

Ontology Information

HPRD ID	1321
Molecular Class	Adhesion molecule
Molecular Function	GTPase activity (GO:0003924)
Biological Process	Cell communication (GO:0007154); Signal transduction (GO:0007165)

SNP Information

View SNP Geneview Report

Drug Information

Uniprot ID DrugBank ID Name Type
P35222 DB03904 Urea SmallMoleculeDrug

External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

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