CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
BRD7	29117	bromodomain containing 7	16	CELTIX1, BP75

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
23215825	2013	Cell line : - Source : - Sample Type : CRC tumor and normal tissue No. of Sample : - Stage : -	Real time RT-PCR, Western blotting, immunohistochemistry	Down-regulation	-	BRD7 may serve as a potential prognostic biomarker of human colorectal cancer. BRD7 was down-regulated in colorectal cancer cell lines and cancerous tissues compared with that in normal colon epithelial cells and adjacent noncancerous tissue samples.

Gene Details

Chromosome 16 - NC_000016.10 (50319018..50368966, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family
Description	This gene encodes a protein which is a member of the bromodomain-containing protein family. The product of this gene has been identified as a component of one form of the SWI/SNF chromatin remodeling complex, and as a protein which interacts with p53 and is required for p53-dependent oncogene-induced senescence which prevents tumor growth. Pseudogenes have been described on chromosomes 2, 3, 6, 13 and 14. Alternative splicing results in multiple transcript variants.
Chromosome	16
Location	16q12.1
Start	50319018
End	50368966
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815582:c50368966-50319018 Homo sapiens chromosome 16, GRCh38.p2 Primary Assembly GGCTCCGGCCGGGTCTCGCGCGCCGTCTTCTCGAGAGGGGCATCGCGCCGCCCGGCGCGCGCCGCCCCCC TGCCTCGCGGCGCGGGGTCTCGCGGGCCCCGCTCCCGCCCTCCGCTCGCCTGGCCCGGACCGGAAGCGGC GCCGCACGGCCTGGGCCTGGCGCGGGGGGCGGGCACCGGGGCCCGGTCGGACATGGGCAAGAAGCACAAG AAGCACAAGTCGGACAAACACCTCTACGAGGGTGAGGAGGGGGCCGGGGTGCGGGCGGCGGGCCCTCGGC GGCTCTGCCGGGCTTCCGCTCTTTCCCAGTGGCTCCGGGGCGGCCCGGGGCCCTTCCTTCCCACGGCAGG CCCAGGCCGGCGAAGGGGGCGCGTCCTGCCGGAGGCCGCGCTGCCCCCCGTGCGGCCGCGGCATTCGAAC CCGGGTCCCCCTGGTCCGGTGGGTCTCTGGTGGGGAGACGTGAGGCGGGCCCGGGAGGCCTGGGAGCGTT CGGGGCGGGCGGCGCCGCCGCACCCCCGGGCCGGGGTCCGTCATTCAACAGGTGCTTCGCGGAGCGCCCA AAGCCGCCTCGGGCTTGCTGCGCCTTGGCGCTCTGCATCCTTAGCACTCCCTGGAGAGCCCCGATTTTAA TCGACGCGCTTTCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTAAGAGTATGTAGAGAAGCCCTTGAAGCTGGTCCTC AAAGTAGGAGGGAACGAAGTCACCGAACTCTCCACGGGCAGCTCGGGGCACGACTCCAGCCTCTTCGAAG ACAAAAACGATCATGACAAACACAAGGACAGAAAGCGGAAAAAGAGAAAGAAAGGAGAGAAGCAGATTCC 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mRNA Sequence	>29117 GAGAGGGGCATCGCGCCGCCCGGCGCGCGCCGCCCCCCTGCCTCGCGGCGCGGGGTCTCGCGGG CCCCGCTCCCGCCCTCCGCTCGCCTGGCCCGGACCGGAAGCGGCGCCGCACGGCCTGGGCCTGG CGCGGGGGGCGGGCACCGGGGCCCGGTCGGACATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAAGTCGGA CAAACACCTCTACGAGGAGTATGTAGAGAAGCCCTTGAAGCTGGTCCTCAAAGTAGGAGGGAAC GAAGTCACCGAACTCTCCACGGGCAGCTCGGGGCACGACTCCAGCCTCTTCGAAGACAAAAACG ATCATGACAAACACAAGGACAGAAAGCGGAAAAAGAGAAAGAAAGGAGAGAAGCAGATTCCAGG GGAAGAAAAGGGGAGAAAACGGAGAAGAGTTAAGGAGGATAAAAAGAAGCGAGATCGAGACCGG GTGGAGAATGAGGCAGAAAAAGATCTCCAGTGTCACGCCCCTGTGAGATTAGACTTGCCTCCTG AGAAGCCTCTCACAAGCTCTTTAGCCAAACAAGAAGAAGTAGAACAGACACCCCTTCAAGAAGC TTTGAATCAACTGATGAGACAATTGCAGAGAAAAGATCCAAGTGCTTTCTTTTCATTTCCTGTG ACTGATTTTATTGCTCCTGGCTACTCCATGATCATTAAACACCCAATGGATTTTAGTACCATGA AAGAAAAGATCAAGAACAATGACTATCAGTCCATAGAAGAACTAAAGGATAACTTCAAACTAAT GTGTACTAATGCCATGATTTACAATAAACCAGAGACCATTTATTATAAAGCTGCAAAGAAGCTG TTGCACTCAGGAATGAAAATTCTTAGCCAGGAAAGAATTCAGAGCCTGAAGCAGAGCATAGACT TCATGGCTGACTTGCAGAAAACTCGAAAGCAGAAAGATGGAACAGACACCTCACAGAGTGGGGA GGACGGAGGCTGCTGGCAGAGAGAGAGAGAGGACTCTGGAGATGCCGAAGCACACGCCTTCAAG AGTCCCAGCAAAGAAAATAAAAAGAAAGACAAAGATATGCTTGAAGATAAGTTTAAAAGCAATA ATTTAGAGAGAGAGCAGGAGCAGCTTGACCGCATCGTGAAGGAATCTGGAGGAAAGCTGACCAG GCGGCTTGTGAACAGTCAGTGCGAATTTGAAAGAAGAAAACCAGATGGAACAACGACGTTGGGA CTTCTCCATCCTGTGGATCCCATTGTAGGAGAGCCAGGCTACTGCCCTGTGAGACTGGGAATGA CAACTGGAAGACTTCAGTCTGGAGTGAATACTTTGCAGGGGTTCAAAGAGGATAAAAGGAACAA AGTCACTCCAGTGTTATATTTGAATTATGGGCCCTACAGTTCTTATGCACCGCATTATGACTCC ACATTTGCAAATATCAGCAAGGATGATTCTGATTTAATCTATTCAACCTATGGGGAAGACTCTG ATCTTCCAAGTGATTTCAGCATCCATGAGTTTTTGGCCACGTGCCAAGATTATCCGTATGTCAT GGCAGATAGTTTACTGGATGTTTTAACAAAAGGAGGGCATTCCAGGACCCTACAAGAGATGGAG ATGTCATTGCCTGAAGATGAAGGCCATACTAGGACACTTGACACAGCAAAAGAAATGGAGCAGA TTACAGAAGTAGAGCCACCAGGGCGTTTGGACTCCAGTACTCAAGACAGGCTCATAGCGCTGAA AGCAGTAACAAATTTTGGCGTTCCAGTTGAAGTTTTTGACTCTGAAGAAGCTGAAATATTCCAG AAGAAACTTGATGAGACCACCAGATTGCTCAGGGAACTCCAGGAAGCCCAGAATGAACGTTTGA GCACCAGACCCCCTCCGAACATGATCTGTCTCTTGGGTCCCTCATACAGAGAAATGCATCTTGC TGAACAAGTGACCAATAATCTTAAAGAACTTGCACAGCAAGTAACTCCAGGTGATATCGTAAGC ACGTATGGAGTTCGAAAAGCAATGGGGATTTCCATTCCTTCCCCCGTCATGGAAAACAACTTTG TGGATTTGACAGAAGACACTGAAGAACCTAAAAAGACGGATGTTGCTGAGTGTGGACCTGGTGG AAGTTGAGGCTGCCTGGTATTTGATTATATATTATGTACATACTTTTTCATTCTTAACTTAGAA ATGCTTTTCAGAAGATATTAAATATTTGTAAATTGTGTTTTTAATTAAACTTTGGAACAGCGAA TTTGGATGTTCCAGAGGTTGGACTTGTATTAGGTAATAAAGCTGGACCTGGGACTCGTGAGGAA GGAATGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAA Download Select all
Length	2330

CDS Information

Location	join(193..241,669..877,14045..14174,14485..14542, 18800..18944,28881..28991,34072..34256,35270..35393, 40223..40298,42576..42683,43084..43219,45269..45380, 46929..46985,48193..48304,48576..48719,48937..49080, 49701..49756)
CDS Sequence	>lcl\|NM_001173984.2_cds_NP_001167455.1_1 [gene=BRD7] [protein=bromodomain-containing protein 7 isoform 1] [protein_id=NP_001167455.1] [location=161..2119] ATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAAGTCGGACAAACACCTCTACGAGGAGTATGTAGAGAAGCCCTTGA AGCTGGTCCTCAAAGTAGGAGGGAACGAAGTCACCGAACTCTCCACGGGCAGCTCGGGGCACGACTCCAG CCTCTTCGAAGACAAAAACGATCATGACAAACACAAGGACAGAAAGCGGAAAAAGAGAAAGAAAGGAGAG AAGCAGATTCCAGGGGAAGAAAAGGGGAGAAAACGGAGAAGAGTTAAGGAGGATAAAAAGAAGCGAGATC GAGACCGGGTGGAGAATGAGGCAGAAAAAGATCTCCAGTGTCACGCCCCTGTGAGATTAGACTTGCCTCC TGAGAAGCCTCTCACAAGCTCTTTAGCCAAACAAGAAGAAGTAGAACAGACACCCCTTCAAGAAGCTTTG AATCAACTGATGAGACAATTGCAGAGAAAAGATCCAAGTGCTTTCTTTTCATTTCCTGTGACTGATTTTA TTGCTCCTGGCTACTCCATGATCATTAAACACCCAATGGATTTTAGTACCATGAAAGAAAAGATCAAGAA CAATGACTATCAGTCCATAGAAGAACTAAAGGATAACTTCAAACTAATGTGTACTAATGCCATGATTTAC AATAAACCAGAGACCATTTATTATAAAGCTGCAAAGAAGCTGTTGCACTCAGGAATGAAAATTCTTAGCC AGGAAAGAATTCAGAGCCTGAAGCAGAGCATAGACTTCATGGCTGACTTGCAGAAAACTCGAAAGCAGAA AGATGGAACAGACACCTCACAGAGTGGGGAGGACGGAGGCTGCTGGCAGAGAGAGAGAGAGGACTCTGGA GATGCCGAAGCACACGCCTTCAAGAGTCCCAGCAAAGAAAATAAAAAGAAAGACAAAGATATGCTTGAAG ATAAGTTTAAAAGCAATAATTTAGAGAGAGAGCAGGAGCAGCTTGACCGCATCGTGAAGGAATCTGGAGG AAAGCTGACCAGGCGGCTTGTGAACAGTCAGTGCGAATTTGAAAGAAGAAAACCAGATGGAACAACGACG TTGGGACTTCTCCATCCTGTGGATCCCATTGTAGGAGAGCCAGGCTACTGCCCTGTGAGACTGGGAATGA CAACTGGAAGACTTCAGTCTGGAGTGAATACTTTGCAGGGGTTCAAAGAGGATAAAAGGAACAAAGTCAC TCCAGTGTTATATTTGAATTATGGGCCCTACAGTTCTTATGCACCGCATTATGACTCCACATTTGCAAAT ATCAGCAAGGATGATTCTGATTTAATCTATTCAACCTATGGGGAAGACTCTGATCTTCCAAGTGATTTCA GCATCCATGAGTTTTTGGCCACGTGCCAAGATTATCCGTATGTCATGGCAGATAGTTTACTGGATGTTTT AACAAAAGGAGGGCATTCCAGGACCCTACAAGAGATGGAGATGTCATTGCCTGAAGATGAAGGCCATACT AGGACACTTGACACAGCAAAAGAAATGGAGCAGATTACAGAAGTAGAGCCACCAGGGCGTTTGGACTCCA GTACTCAAGACAGGCTCATAGCGCTGAAAGCAGTAACAAATTTTGGCGTTCCAGTTGAAGTTTTTGACTC TGAAGAAGCTGAAATATTCCAGAAGAAACTTGATGAGACCACCAGATTGCTCAGGGAACTCCAGGAAGCC CAGAATGAACGTTTGAGCACCAGACCCCCTCCGAACATGATCTGTCTCTTGGGTCCCTCATACAGAGAAA TGCATCTTGCTGAACAAGTGACCAATAATCTTAAAGAACTTGCACAGCAAGTAACTCCAGGTGATATCGT AAGCACGTATGGAGTTCGAAAAGCAATGGGGATTTCCATTCCTTCCCCCGTCATGGAAAACAACTTTGTG GATTTGACAGAAGACACTGAAGAACCTAAAAAGACGGATGTTGCTGAGTGTGGACCTGGTGGAAGTTGA Download Select all
CCDS ID	CCDS10742.1

Protein Information

Protein ID	NP_001167455.1
Protein Name	bromodomain containing 7
Molecular Wt. (Da)	74136
Protein Sequence	>29117 MGKKHKKHKSDKHLYEEYVEKPLKLVLKVGGNEVTELSTGSSGHDSSLFEDKNDHDKHKDRKRK KRKKGEKQIPGEEKGRKRRRVKEDKKKRDRDRVENEAEKDLQCHAPVRLDLPPEKPLTSSLAKQ EEVEQTPLQEALNQLMRQLQRKDPSAFFSFPVTDFIAPGYSMIIKHPMDFSTMKEKIKNNDYQS IEELKDNFKLMCTNAMIYNKPETIYYKAAKKLLHSGMKILSQERIQSLKQSIDFMADLQKTRKQ KDGTDTSQSGEDGGCWQREREDSGDAEAHAFKSPSKENKKKDKDMLEDKFKSNNLEREQEQLDR IVKESGGKLTRRLVNSQCEFERRKPDGTTTLGLLHPVDPIVGEPGYCPVRLGMTTGRLQSGVNT LQGFKEDKRNKVTPVLYLNYGPYSSYAPHYDSTFANISKDDSDLIYSTYGEDSDLPSDFSIHEF LATCQDYPYVMADSLLDVLTKGGHSRTLQEMEMSLPEDEGHTRTLDTAKEMEQITEVEPPGRLD SSTQDRLIALKAVTNFGVPVEVFDSEEAEIFQKKLDETTRLLRELQEAQNERLSTRPPPNMICL LGPSYREMHLAEQVTNNLKELAQQVTPGDIVSTYGVRKAMGISIPSPVMENNFVDLTEDTEEPK KTDVAECGPGGS Download Select all
Length	652
Uniprot ID	P13647
Ensembl Protein ID	ENSP00000252242

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	279;-
S	Phosphorylation	279;-
S	Phosphorylation	622
S	Phosphorylation	621

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
1855	DVL1	3220	NP_004412.2	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	12941796
4747	NEFL	1206	NP_006149.2	yeast 2-hybrid	15383276
5783	PTPN13	2602	NP_542416.1	in vivo;yeast 2-hybrid	10526152
8290	HIST3H3	4156	NP_003484.1	in vitro	12489984
8332	HIST1H2AL	9103	NP_003502.1	in vitro	12489984
8349	HIST2H2BE	3494	NP_003519.1	in vitro	12489984
8553	BHLHE40	16050	NP_003661.1	yeast 2-hybrid	16169070
9001	HAP1	2972	NP_003940.3	yeast 2-hybrid	15383276
11100	HNRNPUL1	10428	NP_008971.2	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	12489984
55183	RIF1	10603	NP_060621.3	yeast 2-hybrid	15383276

Pathway Information

No matching records could be found.

Structure Information

PDB ID	2I7K
Resolution
Method	SOLUTION NMR
Chains	A
Molecule	Bromodomain-containing protein 7
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
cd05513	135-232	Bromo_brd7_like
cl02556	135-232	Bromodomain superfamily
pfam12024	286-534	DUF3512
cl13461	286-534	DUF3512 superfamily
smart00297	129-235	BROMO
cd04369	136-225	Bromodomain
cd05512	135-232	Bromo_brd1_like
cd05509	135-224	Bromo_gcn5_like
pfam00439	140-223	Bromodomain
cd05500	145-224	Bromo_BDF1_2_I
cd05507	153-235	Bromo_brd8_like
cd05511	140-242	Bromo_TFIID
cd05504	139-225	Bromo_Acf1_like
cd05499	137-224	Bromo_BDF1_2_II
cd05502	151-224	Bromo_tif1_like
cd05498	141-224	Bromo_Brdt_II_like
cd05497	136-224	Bromo_Brdt_I_like
cd05510	129-221	Bromo_SPT7_like
cd05529	139-224	Bromo_WDR9_I_like
cd05516	166-224	Bromo_SNF2L2
cd05503	141-215	Bromo_BAZ2A_B_like
cd05528	136-247	Bromo_AAA
cd05519	166-224	Bromo_SNF2
cd05495	136-224	Bromo_cbp_like
cd05506	142-225	Bromo_plant1
cd05515	166-221	Bromo_polybromo_V
cd05518	166-224	Bromo_polybromo_IV
cd05517	166-236	Bromo_polybromo_II
cd05505	156-213	Bromo_WSTF_like
cd05524	166-224	Bromo_polybromo_I
cd05520	155-225	Bromo_polybromo_III
cd05508	143-235	Bromo_RACK7
cd05496	142-217	Bromo_WDR9_II
cd05522	166-224	Bromo_Rsc1_2_II
cd05492	165-225	Bromo_ZMYND11
cd05521	166-221	Bromo_Rsc1_2_I
COG5076	99-224	COG5076
COG5076	114-237	COG5076

Ontology Information

HPRD ID	1015
Molecular Class	Transcription factor
Molecular Function	Structural molecule activity (GO:0005198)
Biological Process	Cell growth and/or maintenance (GO:0008151)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
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TSGene GO
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CCDB GO
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Osteosarcoma Database GO
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