CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
GTF2E1	2960	General transcription factor IIE, polypeptide 1, alpha 56kDa	3	FE; TF2E1; TFIIE-A

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
22968445	2012	Cell line : - Source : Department of Pathology of Wrocaw Medical University. Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Laser capture microdissection,FFPE-FASP,SAX fractionation, LC-MSMS,Label-freequantitation	Up-regulation	4.4	-

Gene Details

Chromosome: 3; NC_000003.11 (120461558..120501916)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	General transcription factors
Description	-
Chromosome	3
Location	3q21-q24
Start	120742711
End	120783070
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815595:120742711-120783070 Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p2 Primary Assembly GTCGCGCAAGGGGCGTGGTTCATTTAAGCCGGTAGTTGAAGCGCTGGGGGCAGCTGTAGTGGGAGTGTTC CAGGATTCGCCTTGGTAAACCTTGTTCCCTGTTCCTTGTTCGGAGTTCCCTGGCCGGGCATTGCATTTCA TGATTTCTTCTTCCTTTCGCTCCCTCTTAACTATCCTCCCCTAATGAATTACCCTGTTGCCTTGGTCCTC TTGGTCCTCCAAAGAACCATTGACCCCGGAGCGGCCCGTGTGCGACCTCGGGTAGGGCGGGCTTGGCTGC GCCGAGTGTGGCCCTGGACCCAACTGGGAGAGTCCGAGGGAGTTTGGGGTCTCGGAGTCTCGCATTGGGG AGGAGTGCATATCACCGAACGCGTCTCGTGGAGGGCAGCTGGGTCCGGAGGTTTCGCGGTAGTTTGCCGC TGTGTGTGTGAAGGCGTGGAAAGTGCCATGAAATGTGGTAACACAACACCGCAGTTAGATGTGTAGAATC CCAAGTTGTTCTAGAACTGGAGTGGCGATTTACTGAAGTAATCTAACTGGTCTCTTCGCATCCACTTTTC TTGTTTTTTTCTCCACTCTGCAGTCAGTACAATCTTTTAACATCCTGAATTTGATCCACGCACCTCCCGC TTAAAACTGTTTTAAATTTAAGAAGAGAGTGCCCAGTAGCCTGTCCGATTCTACCTTGGAAACAAGAGTG GAGGAAGTGAAGCAGGGGGAAGCTGGCAAGATGAGCCATGTTGGAACAAAACGTGCCTAGGAGACATATG GAAAGTTTTATGGAAGTACTTGTCTGGCTATGCTAGATGCTGGAAATTAATTGGTGAACAAGATGAAGTC 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Length	3033

CDS Information

Location	join(7843..8290,28018..28219,33713..33954,38333..38760)
CDS Sequence	>gi\|144922724:115-1434 Homo sapiens general transcription factor IIE, polypeptide 1, alpha 56kDa (GTF2E1), mRNA ATGGCAGACCCAGATGTCCTCACTGAAGTTCCAGCAGCATTGAAGCGGTTAGCCAAGTATGTGATCCGGG GATTTTATGGCATTGAGCATGCCTTGGCCTTGGACATCTTGATCAGGAACTCCTGTGTGAAAGAGGAGGA TATGCTGGAGCTGCTCAAGTTTGATCGGAAGCAACTTCGATCAGTTTTGAATAATTTAAAGGGAGACAAG TTTATCAAATGCAGAATGAGGGTAGAGACTGCTGCAGACGGGAAAACCACTCGCCATAACTACTACTTCA TCAATTATCGTACTCTTGTTAATGTGGTAAAATATAAACTGGACCACATGAGAAGAAGAATTGAGACCGA TGAGAGAGATTCGACCAACCGGGCTTCCTTCAAATGTCCTGTCTGTAGTAGTACTTTCACAGACTTAGAA GCTAATCAGCTCTTTGATCCTATGACAGGAACTTTCCGCTGTACTTTTTGCCATACAGAGGTAGAAGAGG ATGAATCAGCAATGCCCAAAAAAGATGCACGCACACTTTTGGCAAGGTTTAATGAACAAATTGAGCCCAT TTATGCATTGCTTCGGGAGACAGAGGATGTGAACTTGGCCTATGAAATACTTGAGCCAGAACCCACAGAA ATCCCAGCCCTGAAACAGAGCAAGGACCATGCAGCAACTACTGCTGGAGCTGCTAGCCTAGCAGGTGGGC ACCACCGGGAAGCATGGGCCACCAAAGGTCCTTCCTATGAAGACTTATACACTCAGAATGTTGTCATTAA CATGGATGACCAAGAAGATCTTCATCGAGCCTCACTGGAAGGGAAATCTGCCAAAGAGAGGCCTATTTGG TTGAGAGAAAGCACTGTCCAAGGGGCATATGGTTCTGAAGATATGAAAGAAGGGGGCATAGATATGGACG CATTTCAGGAGCGTGAGGAAGGCCATGCTGGGCCTGATGACAACGAAGAGGTCATGCGAGCACTGCTCAT TCACGAGAAAAAGACTTCCTCTGCCATGGCTGGTTCAGTGGGGGCAGCTGCTCCAGTGACCGCTGCCAAT GGCAGTGACTCAGAAAGCGAGACCAGTGAGTCAGATGATGATTCTCCACCCCGTCCGGCAGCTGTGGCTG TGCATAAACGAGAAGAGGATGAAGAGGAAGATGACGAGTTTGAAGAAGTAGCAGATGACCCCATTGTCAT GGTGGCTGGCCGTCCGTTCTCCTACAGTGAAGTGAGCCAACGGCCAGAGCTAGTGGCCCAGATGACACCA GAAGAAAAGGAAGCATATATAGCAATGGGACAACGCATGTTTGAGGACCTCTTTGAGTGA Download Select all
CCDS ID	-

Protein Information

Protein ID	NP_005504.2
Protein Name	General transcription factor IIE, polypeptide 1, alpha 56kDa
Molecular Wt. (Da)	49321
Protein Sequence	>2960 MADPDVLTEVPAALKRLAKYVIRGFYGIEHALALDILIRNSCVKEEDMLELLKFDRKQLRSVLN NLKGDKFIKCRMRVETAADGKTTRHNYYFINYRTLVNVVKYKLDHMRRRIETDERDSTNRASFK CPVCSSTFTDLEANQLFDPMTGTFRCTFCHTEVEEDESAMPKKDARTLLARFNEQIEPIYALLR ETEDVNLAYEILEPEPTEIPALKQSKDHAATTAGAASLAGGHHREAWATKGPSYEDLYTQNVVI NMDDQEDLHRASLEGKSAKERPIWLRESTVQGAYGSEDMKEGGIDMDAFQEREEGHAGPDDNEE VMRALLIHEKKTSSAMAGSVGAAAPVTAANGSDSESETSESDDDSPPRPAAVAVHKREEDEEED DEFEEVADDPIVMVAGRPFSYSEVSQRPELVAQMTPEEKEAYIAMGQRMFEDLFE Download Select all
Length	439
Uniprot ID	Q13886
Ensembl Protein ID	ENSP00000366330

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	268
K	Acetylation	67
T	Phosphorylation	98

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
2071	ERCC3	593	NP_000113.1	in vitro;in vivo	81 524 907 926 747

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Basal transcription factors	hsa03022
Epstein-Barr virus infection	hsa05169
Viral carcinogenesis	hsa05203

Structure Information

PDB ID	1VD4
Resolution	-
Method	solution NMR
Chains	A
Molecule	Transcription initiation factor IIE, alpha subunit
Model	View

Domain Information

ID	Location	Description
pfam02002	16-123	TFIIE_alpha
cl21459	16-123	HTH superfamily
pfam11521	367-439	TFIIE-A_C-term
cl13037	367-439	TFIIE-A_C-term superfamily
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cl07036	127-174	TF_Zn_Ribbon superfamily
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COG1675	14-187	TFA1

Ontology Information

HPRD ID	4211
Molecular Class	Transcription factor
Molecular Function	Transcription factor activity (GO:0003700)
Biological Process	Regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism (GO:0019219)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
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