CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
CD28	940	CD28 molecule	2	-

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
20140740	2010	Cell line : - Source : Department of surgery, Paik Hospital,Inje University Korea. Sample Type : CRC Blood sample No. of Sample : - Stage : TNM Stage I- III	real-timeRT- PCR	Down-regulation	-	B7/CD28 family PBTs may serve as valuable markers reflecting the pathological features of colon cancer.
25497975	2015	Cell line : - Source : First Affiliated Hospital of Soochow University . Sample Type : CRC tumor No. of Sample : 714 health controls, 382 CRC Stage : -	SNP genotyping,Luciferase reporter assays	Polymorhpism	-	rs7628626, rs13505, rs4404254, rs1559931, and rs4675379, through disrupting the regulatory role of miRNAs in the expression of B7/CD28 molecules, contribute to the occurrence and progress of colorectal cancer.

Gene Details

NC_000002.11 (204571198..204603635)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	CD molecules, "Immunoglobulin superfamily / V-set domain containing"
Description	The protein encoded by this gene is essential for T-cell proliferation and survival, cytokine production, and T-helper type-2 development. Several alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Jul 2011]
Chromosome	2
Location	2q33
Start	204571198
End	204603635
Strand	+
Gene Sequence	>gi\|568815596:203706475-203738912 Homo sapiens chromosome 2, GRCh38.p2 Primary Assembly TAAAGTCATCAAAACAACGTTATATCCTGTGTGAAATGCTGCAGTCAGGATGCCTTGTGGTTTGAGTGCC TTGATCATGTGCCCTAAGGGGATGGTGGCGGTGGTGGTGGCCGTGGATGACGGAGACTCTCAGGCCTTGG CAGGTGCGTCTTTCAGTTCCCCTCACACTTCGGGTTCCTCGGGGAGGAGGGGCTGGAACCCTAGCCCATC GTCAGGACAAAGATGCTCAGGCTGCTCTTGGCTCTCAACTTATTCCCTTCAATTCAAGTAACAGGTAAAC AATGTTAATGTCTTTCTTTCTGTAAATATTTTTTGAGGTCTTCCAATTGGCTTAGTTTATTTTAAATTTC TAACAATGTGTGAAATTTGAACATTTGAAGTGTAGTTTTGCTGTAATAGGGCAATGTGTTATTTTGAAAA TCATTGATTCTCAGACTACAATATAGTATCTTAACAAAAGTCCCTTGGAAATAAATTTTCTAAGCTATTA GTTTCTCTAGCTATTAGTTGATAGTGTCCCAAGAATTTATTATTATTATTATTATTTTAAATTGAGATGG GGTTTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTTCTGAGCTCAAGCAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCA AAGTGCTAGGGTTACAGGCATGAGCTACCATGCCCGGCCAATAATTTTTAATTTATGTATCGTTTCTTTC TTTCTTTCTTTTTTTTTTTAATTTAAGAAAGCTGCTGTAAGTAGATTGGCTCTGGAAGCTCTGAATTTAG GTTGCCTATGTTCCTAACACAGGTCCAATTCTCACTAGGTAAGCTTAGGCTTAGCTATTATTTAAACTCT 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AAATACAAAATTTAGCTTGGCCTGGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTGCCCAAGAGGCTGAGGCATGA GAATCGCTTGAACCTGGCAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATAGTGCCACAGCTCTCCAGCCTGGGCG ACAGAGTGAGACTCCATCTCAAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAACCACAAAATTATTTGA GTACTGTGAAGGATTATTTGTCTAACAGTTCATTCCAATCAGACCAGGTAGGAGCTTTCCTGTTTCATAT GTTTCAGGGTTGCACAGTTGGTCTCTTTAATGTCGGTGTGGAGATCCAAAGTGGGTTGTGGAAAGAGCGT CCATAGGAGAAGTGAGAATACTGTGAAAAAGGGATGTTAGCATTCATTAGAGTATGAGGATGAGTCCCAA GAAGGTTCTTTGGAAGGAGGACGAATAGAATGGAGTAATGAAATTCTTGCCATGTGCTGAGGAGATAGCC AGCATTAGGTGACAATCTTCCAGAAGTGGTCAGGCAGAAGGTGCCCTGGTGAGAGCTCCTTTACAGGGAC TTTATGTGGTTTAGGGCTCAGAGCTCCAAAACTCTGGGCTCAGCTGCTCCTGTACCTTGGAGGTCCATTC ACATGGGAAAGTATTTTGGAATGTGTCTTTTGAAGAGAGCATCAGAGTTCTTAAGGGACTGGGTAAGGCC TGACCCTGAAATGACCATGGATATTTTTCTACCTACAGTTTGAGTCAACTAGAATATGCCTGGGGACCTT GAAGAATGGCCCTTCAGTGGCCCTCACCATTTGTTCATGCTTCAGTTAATTCAGGTGTTGAAGGAGCTTA GGTTTTAGAGGCACGTAGACTTGGTTCAAGTCTCGTTAGTAGTTGAATAGCCTCAGGCAAGTCACTGCCC ACCTAAGATGATGGTTCTTCAACTATAAAATGGAGATAATGGTTACAAATGTCTCTTCCTATAGTATAAT CTCCATAAGGGCATGGCCCAAGTCTGTCTTTGACTCTGCCTATCCCTGACATTTAGTAGCATGCCCGACA TACAATGTTAGCTATTGGTATTATTGCCATATAGATAAATTATGTATAAAAATTAAACTGGGCAATAGCC TAAGAAGGGGGGAATATTGTAACACAAATTTAAACCCACTACGCAGGGATGAGGTGCTATAATATGAGGA CCTTTTAACTTCCATCATTTTCCTGTTTCTTGAAATAGTTTATCTTGTAATGAAATATAAGGCACCTCCC ACTTTTATGTATAGAAAGAGGTCTTTTAATTTTTTTTTAATGTGAGAAGGAAGGGAGGAGTAGGAATCTT GAGATTCCAGATCGAAAATACTGTACTTTGGTTGATTTTTAAGTGGGCTTCCATTCCATGGATTTAATCA GTCCCAAGAAGATCAAACTCAGCAGTACTTGGGTGCTGAAGAACTGTTGGATTTACCCTGGCACGTGTGC CACTTGCCAGCTTCTTGGGCACACAGAGTTCTTCAATCCAAGTTATCAGATTGTATTTGAAAATGACAGA GCTGGAGAGTTTTTTGAAATGGCAGTGGCAAATAAATAAATACTTTTTTTTAAATGGAAAGACTTGATCT ATGGTAATAAATGATTTTGTTTTCTGACTGGAAAAATAGGCCTACTAAAGATGAATCACACTTGAGATGT TTCTTACTCACTCTGCACAGAAACAAAGAAGAAATGTTATACAGGGAAGTCCGTTTTCACTATTAGTATG AACCAAGAAATGGTTCAAAAACAGTGGTAGGAGCAATGCTTTCATAGTTTCAGATATGGTAGTTATGAAG AAAACAATGTCATTTGCTGCTATTATTGTAAGAGTCTTATAATTAATGGTACTCCTATAATTTTTGATTG TGAGCTCACCTATTTGGGTTAAGCATGCCAATTTAAAGAGACCAAGTGTATGTACATTATGTTCTACATA TTCAGTGATAAAATTACTAAACTACTATATGTCTGCTTTAAATTTGTACTTTAATATTGTCTTTTGGTAT TAAGAAAGATATGCTTTCAGAATAGATATGCTTCGCTTTGGCAAGGAATTTGGATAGAACTTGCTATTTA AAAGAGGTGTGGGGTAAATCCTTGTATAAATCTCCAGTTTAGCCTTTTTTGAAAAAGCTAGACTTTCAAA TACTAATTTCACTTCAAGCAGGGTACGTTTCTGGTTTGTTTGCTTGACTTCAGTCACAATTTCTTATCAG ACCAATGGCTGACCTCTTTGAGATGTCAGGCTAGGCTTACCTATGTGTTCTGTGTCATGTGAATGCTGAG AAGTTTGACAGAGATCCAACTTCAGCCTTGACCCCATCAGTCCCTCGGGTTAACTAACTGAGCCACCGGT CCTCATGGCTATTTTAATGAGGGTATTGATGGTTAAATGCATGTCTGATCCCTTATCCCAGCCATTTGCA CTGCCAGCTGGGAACTATACCAGACCTGGATACTGATCCCAAAGTGTTAAATTCAACTACATGCTGGAGA TTAGAGATGGTGCCAATAAAGGACCCAGAACCAGGATCTTGATTGCTATAGACTTATTAATAATCCAGGT CAAAGAGAGTGACACACACTCTCTCAAGACCTGGGGTGAGGGAGTCTGTGTTATCTGCAAGGCCATTTGA GGCTCAGAAAGTCTCTCTTTCCTATAGATATATGCATACTTTCTGACATATAGGAATGTATCAGGAATAC TCAACCATCACAGGCATGTTCCTACCTCAGGGCCTTTACATGTCCTGTTTACTCTGTCTAGAATGTCCTT CTGTAGATGACCTGGCTTGCCTCGTCACCCTTCAGGTCCTTGCTCAAGTGTCATCTTCTCCCCTAGTTAA ACTACCCCACACCCTGTCTGCTTTCCTTGCTTATTTTTCTCCATAGCATTTTACCATCTCTTACATTAGA CATTTTTCTTATTTATTTGTAGTTTATAAGCTTCATGAGGCAAGTAACTTTGCTTTGTTTCTTGCTGTAT CTCCAGTGCCCAGAGCAGTGCCTGGTATATAATAAATATTTATTGACTGAGTGAAAAAAAAAAAAAAAAA Download Select all
Length	4900

CDS Information

Location	223..885
CDS Sequence	Download Select all
CCDS ID	CCDS2361.1

Protein Information

Protein ID	NP_006130.1
Protein Name	CD28 molecule
Molecular Wt. (Da)	0
Protein Sequence	>lcl\|NM_006139.3_prot_NP_006130.1_1 [gene=CD28] [protein=T-cell-specific surface glycoprotein CD28 isoform 1 precursor] [protein_id=NP_006130.1] [location=223..885] MLRLLLALNLFPSIQVTGNKILVKQSPMLVAYDNAVNLSCKYSYNLFSREFRASLHKGLDSAVEVCVVYG NYSQQLQVYSKTGFNCDGKLGNESVTFYLQNLYVNQTDIYFCKIEVMYPPPYLDNEKSNGTIIHVKGKHL CPSPLFPGPSKPFWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWVRSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYA PPRDFAAYRS Download Select all
Length	220
Uniprot ID	P21359
Ensembl Protein ID	ENSP00000348498

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
Y	Phosphorylation	191
Y	Phosphorylation	206
Y	Phosphorylation	209
Y	Phosphorylation	218
N	Glycosylation	129
N	Glycosylation	71
N	Glycosylation	92
S	Phosphorylation	189

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
941	CD80	202	NP_005182.1	in vitro	7545666
2885	GRB2	150	NP_002077.1	in vitro;in vivo	857 615 777 372 759 000 000
3592	IL12A	1193	NP_000873.2	in vitro;in vivo	7516408
3932	LCK	1080	NP_005347.3	in vitro	10430626
4905	NSF	3380	NP_006169.2	in vivo	11680900
5294	PIK3CG	3135	NP_002640.2	in vivo	9915850
5295	PIK3R1	1381	NP_852664.1	in vitro;in vivo	86 216 077 737 275
5296	PIK3R2	4404	NP_005018.1	in vitro	75 093 608 080 844
5335	PLCG1	1398	NP_002651.2	in vivo	8386518
5788	PTPRC	1050	NP_002829.2	in vivo	1355979

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Allograft rejection	hsa05330
Autoimmune thyroid disease	hsa05320
Cell adhesion molecules (CAMs)	hsa04514
Graft-versus-host disease	hsa05332
Intestinal immune network for IgA production	hsa04672
Measles	hsa05162
Rheumatoid arthritis	hsa05323
Systemic lupus erythematosus	hsa05322
T cell receptor signaling pathway	hsa04660
Type I diabetes mellitus	hsa04940
Viral myocarditis	hsa05416

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
cd05721	21-136	IgV_CTLA-4
cl11960	21-136	Ig superfamily
smart00406	36-114	IGv
cd00099	28-135	IgV

Ontology Information

HPRD ID	2730
Molecular Class	Cell surface receptor
Molecular Function	Transcription factor activity (GO:0003700)
Biological Process	Regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism (GO:0019219)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

Mechanism	Down-regulation/Polymorphism
Biomarker	-
Drug Target	-
Biological Process	Immune response

ArrayExpress	GO
ICGC	GO
Cancer3D	GO
COSMIC	GO
NCG	GO
TSGene	GO
Tumor Gene Family of Databases	GO
CCDB	GO
G2SBC	GO
Osteosarcoma Database	GO
RCDB	GO