CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
CD47	961	CD47 molecule	3	IAP; OA3; MER6

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
23011546	2013	Cell line : - Source : Northern Germany (PopGen cohort). Sample Type : - No. of Sample : 613 Stage : -	Genotyping	Polymorhpism	-	Three polymorphisms in CD47 were associated with distant metastasis are rs9879947 and rs3206652 in the 3'-UTR and the eSNP rs3804639. Increased expression of this gene has recently been shown to be an indicator of poor prognosis in cancer patients. Putative SNPs in gene from ECM pathway were genotyped

Gene Details

Chromosome: 3; NC_000003.11 (107761941..107809935, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	CD molecules, Immunoglobulin superfamily / Immunoglobulin-like domain containing
Description	This gene encodes a membrane protein, which is involved in the increase in intracellular calcium concentration that occurs upon cell adhesion to extracellular matrix. The encoded protein is also a receptor for the C-terminal cell binding domain of thrombospondin, and it may play a role in membrane transport and signal transduction. This gene has broad tissue distribution, and is reduced in expression on Rh erythrocytes. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2010]
Chromosome	3
Location	3q13.1-q13
Start	108043094
End	108091088
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815595:c108091088-108043094 Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p2 Primary Assembly GGGGAGCAGGCGGGGGAGCGGGCGGGAAGCAGTGGGAGCGCGCGTGCGCGCGGCCGTGCAGCCTGGGCAG TGGGTCCTGCCTGTGACGCGCGGCGGCGGTCGGTCCTGCCTGTAACGGCGGCGGCGGCTGCTGCTCCGGA CACCTGCGGCGGCGGCGGCGACCCCGCGGCGGGCGCGGAGATGTGGCCCCTGGTAGCGGCGCTGTTGCTG GGCTCGGCGTGCTGCGGTGAGTGGCTCCTCGCTCCCAGCCCTGCGGCTGCTGTCGCTTCGCCCCCGCGGG CGTGTGGGCTGCGCCCCAGCCAGCCCGGCGGCGCCCTGAAGAGGGTGGCCGGGGCGCAGAACACTCGGGC CCTGAGCGCCCGAAGTGCAGACGTGGGAGGGCCCCACGGGGAATCGGGCGCCCCCCTTCTTCCTCCCTTC CTTTCCCTGGTCGTCTTCTTCCCCCTGGGTGAGAGCGGGGCTCATCTCCTCCACCCGGTTCTCCATCTCC AAATGCACACACACAGGAAGACTCCAAACCGCGCACCTCGCGCAAAAATTAACTAGCAAGAAAGGGCGCG ATCAGAGGCAAGGGGCTGCAGCTGCTAGGGATCCCCTTCTTTCGCACCCCTCTCCCTTCTCAGTGCTTAG ACGCATTTGGGGTTGAGGGAGGGAGAGTGGGAGGGCCCGGGCCTCTTGCGATGGAAGTGCGCATTTTGGC GAAGTCGGTGAGAAGGGGTTTCTGCCGTTTGCCTCCCACATGAACATAGGAGCGAAGAGGACGTAAAGGA CACAATTAAGTTTCATTTTCAACTCAGCATTCAATCAGAAGAATCTTCCGGCCGTGTAATTTTTGCTGTC 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TATTCTTCCTTGATTGTGTAGCTGTCCAAAATAATAACATATATAGAGGGAGCTGTATTCCTTT ATACAAATCTGATGGCTCCTGCAGCACTTTTTCCTTCTGAAAATATTTACATTTTGCTAACCTA GTTTGTTACTTTAAAAATCAGTTTTGATGAAAGGAGGGAAAAGCAGATGGACTTGAAAAAGATC CAAGCTCCTATTAGAAAAGGTATGAAAATCTTTATAGTAAAATTTTTTATAAACTAAAGTTGTA CCTTTTAATATGTAGTAAACTCTCATTTATTTGGGGTTCGCTCTTGGATCTCATCCATCCATTG TGTTCTCTTTAATGCTGCCTGCCTTTTGAGGCATTCACTGCCCTAGACAATGCCACCAGAGATA GTGGGGGAAATGCCAGATGAAACCAACTCTTGCTCTCACTAGTTGTCAGCTTCTCTGGATAAGT GACCACAGAAGCAGGAGTCCTCCTGCTTGGGCATCATTGGGCCAGTTCCTTCTCTTTAAATCAG ATTTGTAATGGCTCCCAAATTCCATCACATCACATTTAAATTGCAGACAGTGTTTTGCACATCA TGTATCTGTTTTGTCCCATAATATGCTTTTTACTCCCTGATCCCAGTTTCTGCTGTTGACTCTT CCATTCAGTTTTATTTATTGTGTGTTCTCACAGTGACACCATTTGTCCTTTTCTGCAACAACCT TTCCAGCTACTTTTGCCAAATTCTATTTGTCTTCTCCTTCAAAACATTCTCCTTTGCAGTTCCT CTTCATCTGTGTAGCTGCTCTTTTGTCTCTTAACTTACCATTCCTATAGTACTTTATGCATCTC TGCTTAGTTCTATTAGTTTTTTGGCCTTGCTCTTCTCCTTGATTTTAAAATTCCTTCTATAGCT AGAGCTTTTCTTTCTTTCATTCTCTCTTCCTGCAGTGTTTTGCATACATCAGAAGCTAGGTACA 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Length	5288

CDS Information

Location	join(181..226,10745..11098,19907..19996,30237..30344, 31545..31637,32660..32752,33520..33612,39119..39150, 43797..43805)
CDS Sequence	>gi\|68223313:181-1098 Homo sapiens CD47 molecule (CD47), transcript variant 2, mRNA ATGTGGCCCCTGGTAGCGGCGCTGTTGCTGGGCTCGGCGTGCTGCGGATCAGCTCAGCTACTATTTAATA AAACAAAATCTGTAGAATTCACGTTTTGTAATGACACTGTCGTCATTCCATGCTTTGTTACTAATATGGA GGCACAAAACACTACTGAAGTATACGTAAAGTGGAAATTTAAAGGAAGAGATATTTACACCTTTGATGGA GCTCTAAACAAGTCCACTGTCCCCACTGACTTTAGTAGTGCAAAAATTGAAGTCTCACAATTACTAAAAG GAGATGCCTCTTTGAAGATGGATAAGAGTGATGCTGTCTCACACACAGGAAACTACACTTGTGAAGTAAC AGAATTAACCAGAGAAGGTGAAACGATCATCGAGCTAAAATATCGTGTTGTTTCATGGTTTTCTCCAAAT GAAAATATTCTTATTGTTATTTTCCCAATTTTTGCTATACTCCTGTTCTGGGGACAGTTTGGTATTAAAA CACTTAAATATAGATCCGGTGGTATGGATGAGAAAACAATTGCTTTACTTGTTGCTGGACTAGTGATCAC TGTCATTGTCATTGTTGGAGCCATTCTTTTCGTCCCAGGTGAATATTCATTAAAGAATGCTACTGGCCTT GGTTTAATTGTGACTTCTACAGGGATATTAATATTACTTCACTACTATGTGTTTAGTACAGCGATTGGAT TAACCTCCTTCGTCATTGCCATATTGGTTATTCAGGTGATAGCCTATATCCTCGCTGTGGTTGGACTGAG TCTCTGTATTGCGGCGTGTATACCAATGCATGGCCCTCTTCTGATTTCAGGTTTGAGTATCTTAGCTCTA GCACAATTACTTGGACTAGTTTATATGAAATTTGTGGCTTCCAATCAGAAGACTATACAACCTCCTAGGA ATAACTGA Download Select all
CCDS ID	CCDS43125.1

Protein Information

Protein ID	NP_001768.1
Protein Name	CD47 molecule
Molecular Wt. (Da)	33469
Protein Sequence	>961 MWPLVAALLLGSACCGSAQLLFNKTKSVEFTFCNDTVVIPCFVTNMEAQNTTEVYVKWKFKGRD IYTFDGALNKSTVPTDFSSAKIEVSQLLKGDASLKMDKSDAVSHTGNYTCEVTELTREGETIIE LKYRVVSWFSPNENILIVIFPIFAILLFWGQFGIKTLKYRSGGMDEKTIALLVAGLVITVIVIV GAILFVPGEYSLKNATGLGLIVTSTGILILLHYYVFSTAIGLTSFVIAILVIQVIAYILAVVGL SLCIAACIPMHGPLLISGLSILALAQLLGLVYMKFVASNQKTIQPPRKAVEEPLNAFKESKGMM NDE Download Select all
Length	323
Uniprot ID	Q06278
Ensembl Protein ID	ENSP00000363832

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
C	Disulfide Bridge	33;263
C	Disulfide Bridge	33;263
N	Glycosylation	49
N	Glycosylation	49
N	Glycosylation	49
N	Glycosylation	72
N	Glycosylation	72
N	Glycosylation	72
N	Glycosylation	44
N	Glycosylation	44
N	Glycosylation	44

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
355	FAS	609	NP_000034.1	in vitro	15917238
2038	EPB42	1517	NP_000110.2	in vivo	12176912
2770	GNAI1	756	NP_002060.4	in vivo	11306274
3685	ITGAV	1903	NP_002201.1	in vitro;in vivo	10545994
5029	P2RY2	2499	NP_788086.1	in vivo	11331301
5747	PTK2	2859	NP_005598.3	in vivo	9169439
6005	RHAG	1582	NP_000315.2	in vivo	856 375 512 393 442
7057	THBS1	1765	NP_003237.2	in vivo	9 169 439 855 056 210 000 000

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
ECM-receptor interaction	hsa04512

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
pfam04549	143-300	CD47
cl04580	143-300	CD47 superfamily
pfam08204	20-136	V-set_CD47
cl07004	20-136	V-set_CD47 superfamily
PHA03042	23-287	PHA03042

Ontology Information

HPRD ID	7537
Molecular Class	Unclassified
Molecular Function	Catalytic activity (GO:0003824)
Biological Process	Metabolism (GO:0008152); Energy pathways (GO:0006091)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

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