CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
CHD1	1105	chromodomain helicase DNA binding protein 1	5	-

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
21447119	2011	Cell line : - Source : - Sample Type : GC and CRC tumor and normal tissue No. of Sample : 28GC with high MSI (MSI-H), 45 GCs with low MSI (MSI-L)/stable MSI (MSS), 35 colorectal cancers (CRCs) with MSI-H and 45 CRCs with MSI-L/MSS. Stage : -	SSCP	Frameshift Mutation	-	-

Gene Details

NC_000005.9 (98189689..98264522, complement)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	-
Description	The CHD family of proteins is characterized by the presence of chromo (chromatin organization modifier) domains and SNF2-related helicase/ATPase domains. CHD genes alter gene expression possibly by modification of chromatin structure thus altering access of the transcriptional apparatus to its chromosomal DNA template. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Chromosome	5
Location	5q15-q21
Start	98189689
End	98264522
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815593:c98928623-98855204 Homo sapiens chromosome 5, GRCh38.p2 Primary Assembly AGGACTGGGCGGCGGAGATCCCGGGCCTGGGCGCGGGGGAGGCCGTCCACCCGAGTCGGCTCCCTCCGCC CCGCCAAGCCCGCCGGTAAGAAAGGGGGCGGCGGGCGGGTCAGGATGTGGCGGAGAGGACAGGAACCGGC CGGGCGGAGGGCGGGCGCGGCGCGGTGCCCAGGCGGCGGCCCAGCGGCCGGGTGAAGGCCGGGTGGCTCT GTGAGTGCCGGTGGCGGTGTACGGGCCTGGCGCGCAGGGGGCGTGTGAGCGGCGAGTACAGGCCGGGGCC GCAGAACGCATCCTTGCGCCGGCCCGGCGGCCCTGCCCCGGCCTCTTCGGCTTGGTGCCGACCGGGCCGC GAGAGGAGACCCGCGAATGGCTAGCACTTAGCCGGTGCGTGGGTCCTGCCGCGACCCGGGCTCCCAGCAC GTGGGGAGCGGCGGGAGGGGGAGGGGGCGGCGGCTCGGGCGAGCCTGGGAGGGCGCGGGGCGGGTCTGCG GGAAGTTTGAGGCGGGAAGAGGGACTCCTGGACCGGGATGGAGGCCCTGGGAGAGGGGGGCAGGTCCGCG AGGGAGGCTGATTGGAGCGCGCTGGATGGATGAGTGAGGATGGTTTCCAAACCTCTTTCGAGTGCCGCTT TAAAAACTTAGCAGGAGCAAAGCAACTGCTAAAAGACAGAGGATTGAAGAGGTTTAATAACTTAGGGTAG TCATTGTGGAGACGCTTGAGAGGACACAGCGCTGTGTGCGCTTGGAGCTTCAGAACTCAGGGTTGTGAAA AGGGTCTCAGAGGACTTATTCGGATAAGGGAGATGGAGGGGAAAGGAAGTTAAAATGTACAGAGAAAGCC 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CDS Information

Location	233..4891
CDS Sequence	>lcl\|XM_011543112.1_cds_XP_011541414.1_1 [gene=CHD1] [protein=chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 isoform X3] [protein_id=XP_011541414.1] [location=233..4891] ATGAATGGACACAGTGATGAAGAAAGTGTTAGAAACAGTAGTGGAGAATCAAGCCAGTCGGATGATGATT CTGGGTCAGCTTCAGGCTCTGGATCTGGTTCGAGTTCTGGAAGCAGTAGTGATGGAAGCAGTAGCCAGTC AGGTAGCAGTGACTCTGACTCCGGATCTGAATCAGGCAGTCAGTCAGAGTCTGAGTCAGACACTTCCCGA GAAAACAAAGTTCAAGCAAAACCACCGAAAGTTGATGGAGCTGAGTTTTGGAAATCTAGTCCTAGTATTC TGGCCGTTCAGAGATCTGCAATCCTCAAGAAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAACAACATCAAGCCTC ATCTAATAGCGGATCAGAAGAGGATTCCTCTAGCAGTGAAGATTCCGATGACTCATCAAGTGAGGTCAAA AGGAAAAAGCATAAAGATGAAGATTGGCAAATGTCTGGGTCAGGATCTCCATCTCAGTCTGGTTCAGATT CAGAATCTGAAGAAGAGAGAGAGAAAAGCAGTTGTGATGAAACAGAATCTGATTATGAGCCAAAAAACAA AGTCAAAAGCAGAAAACCTCAAAATAGATCTAAGTCAAAAAATGGAAAGAAGATTCTTGGACAAAAAAAG AGACAGATTGATTCATCTGAGGAGGATGATGATGAAGAAGATTATGATAATGATAAAAGAAGTTCTCGTC GCCAAGCAACTGTTAATGTTAGCTATAAGGAGGATGAAGAAATGAAAACAGATTCTGATGACCTACTGGA AGTCTGTGGAGAGGATGTTCCTCAACCTGAGGAAGAGGAATTTGAAACCATAGAAAGATTTATGGATTGT CGGATTGGGAGAAAAGGAGCTACTGGTGCTACTACAACCATCTATGCAGTTGAAGCAGATGGTGACCCAA ATGCAGGCTTTGAAAAAAACAAAGAACCAGGAGAGATTCAGTATTTAATTAAATGGAAAGGATGGTCCCA TATCCACAACACTTGGGAGACAGAAGAAACCCTCAAGCAGCAGAATGTTAGAGGAATGAAAAAATTGGAT AATTATAAGAAAAAAGATCAGGAAACAAAAAGATGGTTGAAAAATGCCTCTCCAGAAGATGTGGAATATT ATAATTGCCAGCAAGAACTTACAGATGATCTACATAAACAGTATCAAATAGTGGAACGTATAATTGCTCA TTCCAATCAAAAGTCAGCAGCTGGTTATCCTGATTATTACTGCAAATGGCAGGGCCTTCCATACTCAGAG TGCAGCTGGGAAGATGGAGCTCTCATTTCCAAAAAGTTTCAAGCATGCATTGATGAGTATTTTAGCAGGA ACCAATCAAAAACCACTCCTTTTAAAGATTGCAAAGTATTAAAACAAAGGCCAAGGTTTGTAGCCCTGAA GAAGCAGCCATCCTATATTGGAGGACATGAGGGCTTAGAATTAAGAGATTATCAACTGAATGGTTTAAAT TGGCTTGCTCATTCTTGGTGCAAAGGAAATAGTTGCATACTCGCTGATGAAATGGGCCTTGGAAAAACAA TACAGACGATCTCATTTCTGAATTATTTGTTTCATGAACATCAATTATATGGACCTTTTTTATTGGTAGT ACCGCTCTCCACTCTTACTTCCTGGCAAAGGGAAATTCAGACTTGGGCTTCTCAAATGAATGCTGTGGTT TATTTAGGTGACATTAACAGCAGAAACATGATAAGAACTCATGAATGGACGCATCATCAGACCAAACGGT TAAAATTTAATATATTGTTAACAACTTATGAAATTTTATTAAAAGATAAGGCATTCCTTGGAGGTCTAAA TTGGGCATTTATAGGTGTTGATGAAGCACACCGATTAAAGAATGATGACTCCCTTCTGTATAAAACTTTA ATAGATTTTAAATCCAATCATCGTCTCCTTATCACTGGAACTCCTCTACAGAATTCCCTCAAAGAGCTCT GGTCTTTGCTACATTTCATTATGCCAGAAAAGTTTTCTTCCTGGGAAGATTTTGAAGAAGAACATGGCAA AGGGAGAGAATATGGTTATGCAAGCCTTCACAAGGAGCTTGAGCCATTTCTGTTACGCCGAGTTAAGAAA GATGTGGAAAAATCTCTTCCTGCCAAGGTTGAGCAGATTTTAAGAATGGAAATGAGTGCTTTACAGAAAC AATATTACAAATGGATTTTAACTAGGAATTACAAAGCCCTCAGCAAAGGTTCCAAGGGCAGTACCTCAGG CTTTTTGAACATTATGATGGAGCTAAAGAAATGTTGTAACCATTGCTACCTCATTAAACCACCAGATAAT AATGAATTCTATAATAAACAGGAGGCCTTACAACACTTAATTCGTAGTAGCGGAAAATTGATTCTTCTTG ACAAGCTATTAATTCGCCTAAGAGAACGAGGCAATCGAGTTCTTATTTTTTCACAAATGGTGCGGATGTT AGATATACTTGCAGAATATTTGAAATATCGTCAATTCCCCTTTCAAAGATTAGATGGATCAATAAAAGGA GAACTGAGGAAACAAGCTCTAGATCATTTTAATGCTGAGGGATCAGAGGATTTTTGCTTTTTGCTGTCCA CAAGAGCTGGAGGTCTAGGGATTAATTTAGCCTCTGCTGACACTGTTGTTATATTTGATTCCGATTGGAA TCCACAGAATGATCTTCAGGCACAGGCTAGAGCCCATCGAATTGGGCAAAAGAAACAGGTGAATATTTAT CGTCTAGTTACAAAGGGATCAGTTGAAGAAGATATTCTTGAAAGGGCGAAAAAGAAGATGGTTTTAGATC ATCTTGTAATTCAAAGAATGGACACAACTGGGAAGACAGTACTACATACAGGTTCTGCCCCATCAAGTTC TACTCCTTTCAATAAAGAAGAGTTATCAGCCATTTTAAAGTTTGGTGCTGAAGAACTTTTTAAGGAACCT GAAGGAGAAGAACAAGAGCCCCAGGAAATGGATATAGATGAAATCTTGAAGAGAGCTGAAACTCATGAAA ATGAACCAGGTCCTTTAACTGTAGGAGATGAATTGCTTTCCCAGTTCAAGGTTGCCAACTTCTCAAATAT GGATGAGGATGACATTGAGTTGGAACCTGAAAGAAATTCAAAGAATTGGGAGGAAATTATTCCAGAAGAT CAAAGAAGACGATTAGAAGAAGAAGAAAGACAAAAGGAACTTGAAGAAATTTATATGCTCCCAAGAATGA GAAATTGTGCAAAACAGATTAGTTTCAATGGAAGTGAAGGGAGGCGCAGTAGAAGTAGGAGATACTCTGG ATCTGATAGTGATTCCATCTCAGAAGGGAAAAGGCCAAAGAAACGTGGAAGACCACGGACTATTCCTCGG GAGAATATTAAAGGATTTAGTGATGCAGAAATTAGGCGGTTTATCAAGAGCTATAAGAAATTTGGTGGTC CTCTGGAAAGATTAGATGCAATTGCTCGAGATGCTGAGTTAGTTGATAAGTCAGAAACAGACCTTAGACG ACTGGGAGAATTGGTACATAATGGTTGCATTAAAGCATTAAAGGATAGTTCTTCAGGAACAGAACGAACA GGTGGTAGACTCGGAAAAGTGAAGGGTCCAACATTCCGAATATCAGGAGTACAGGTGAATGCCAAACTAG TCATCTCCCATGAAGAAGAATTAATACCTTTGCACAAATCCATTCCTTCTGATCCAGAAGAAAGAAAGCA GTATACTATCCCATGCCACACAAAGGCAGCTCATTTTGATATAGACTGGGGCAAAGAAGATGATTCCAAT TTGTTAATTGGCATCTATGAATATGGATATGGAAGCTGGGAAATGATTAAAATGGATCCTGACCTCAGTC TAACACACAAGATTCTTCCAGATGATCCCGATAAAAAACCACAAGCAAAACAGTTGCAGACCCGTGCAGA CTACCTCATCAAATTACTTAGTAGAGATCTTGCAAAAAAAGAAGCTCTTTCTGGTGCGGGAAGTTCAAAG AGGAGAAAAGCAAGAGCTAAGAAGAATAAAGCAATGAAGTCTATAAAAGTGAAAGAGGAAATAAAGAGTG ATTCTTCTCCTCTGCCTTCAGAGAAGTCTGATGAAGATGATGATAAATTGAGTGAATCCAAGTCTGATGG TAGGGAAAGATCCAAGAAATCTTCAGTGTCAGATGCTCCAGTTCATATCACGGCAAGTGGTGAACCAGTT CCCATTTCTGAAGAATCTGAAGAGCTGGATCAGAAGACATTCAGCATTTGTAAAGAAAGAATGAGGCCTG TTAAAGCAGCTTTGAAACAACTTGATAGGCCTGAGAAAGGCCTTTCAGAAAGAGAACAACTAGAGCATAC TAGACAATGTTTAATAAAAATTGGAGACCATATCACAGAATGTCTAAAAGAGTATACAAATCCTGAACAA ATTAAGCAATGGAGAAAAAACCTGTGGATTTTTGTATCTAAGTTTACTGAATTTGATGCAAGAAAATTAC ATAAATTATATAAGCATGCTATTAAAAAACGGCAGGAGTCTCAGCAAAACAGTGATCAAAACAGCAACTT GAATCCTCACGTGATTAGAAATCCAGATATTACAGTGACAGAGAGAAACACAGAAAACTGGATGATCACA GGAGTAGAGATCACAGGTCAAATTTGGAAGGAAGTTTAA Download Select all
CCDS ID	CCDS34204.1

Protein Information

Protein ID	XP_011541414.1
Protein Name	chromodomain helicase DNA binding protein 1
Molecular Wt. (Da)	177365
Protein Sequence	>lcl\|XM_011543112.1_prot_XP_011541414.1_1 [gene=CHD1] [protein=chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 isoform X3] [protein_id=XP_011541414.1] [location=233..4891] MNGHSDEESVRNSSGESSQSDDDSGSASGSGSGSSSGSSSDGSSSQSGSSDSDSGSESGSQSESESDTSR ENKVQAKPPKVDGAEFWKSSPSILAVQRSAILKKQQQQQQQQQHQASSNSGSEEDSSSSEDSDDSSSEVK RKKHKDEDWQMSGSGSPSQSGSDSESEEEREKSSCDETESDYEPKNKVKSRKPQNRSKSKNGKKILGQKK RQIDSSEEDDDEEDYDNDKRSSRRQATVNVSYKEDEEMKTDSDDLLEVCGEDVPQPEEEEFETIERFMDC RIGRKGATGATTTIYAVEADGDPNAGFEKNKEPGEIQYLIKWKGWSHIHNTWETEETLKQQNVRGMKKLD NYKKKDQETKRWLKNASPEDVEYYNCQQELTDDLHKQYQIVERIIAHSNQKSAAGYPDYYCKWQGLPYSE CSWEDGALISKKFQACIDEYFSRNQSKTTPFKDCKVLKQRPRFVALKKQPSYIGGHEGLELRDYQLNGLN WLAHSWCKGNSCILADEMGLGKTIQTISFLNYLFHEHQLYGPFLLVVPLSTLTSWQREIQTWASQMNAVV YLGDINSRNMIRTHEWTHHQTKRLKFNILLTTYEILLKDKAFLGGLNWAFIGVDEAHRLKNDDSLLYKTL IDFKSNHRLLITGTPLQNSLKELWSLLHFIMPEKFSSWEDFEEEHGKGREYGYASLHKELEPFLLRRVKK DVEKSLPAKVEQILRMEMSALQKQYYKWILTRNYKALSKGSKGSTSGFLNIMMELKKCCNHCYLIKPPDN NEFYNKQEALQHLIRSSGKLILLDKLLIRLRERGNRVLIFSQMVRMLDILAEYLKYRQFPFQRLDGSIKG ELRKQALDHFNAEGSEDFCFLLSTRAGGLGINLASADTVVIFDSDWNPQNDLQAQARAHRIGQKKQVNIY RLVTKGSVEEDILERAKKKMVLDHLVIQRMDTTGKTVLHTGSAPSSSTPFNKEELSAILKFGAEELFKEP EGEEQEPQEMDIDEILKRAETHENEPGPLTVGDELLSQFKVANFSNMDEDDIELEPERNSKNWEEIIPED QRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQISFNGSEGRRSRSRRYSGSDSDSISEGKRPKKRGRPRTIPR ENIKGFSDAEIRRFIKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKSETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT GGRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHEEELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDIDWGKEDDSN LLIGIYEYGYGSWEMIKMDPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIKLLSRDLAKKEALSGAGSSK RRKARAKKNKAMKSIKVKEEIKSDSSPLPSEKSDEDDDKLSESKSDGRERSKKSSVSDAPVHITASGEPV PISEESEELDQKTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECLKEYTNPEQ IKQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKRQESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDITVTERNTENWMIT GVEITGQIWKEV Download Select all
Length	1552
Uniprot ID	P78549
Ensembl Protein ID	ENSP00000219066

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	1677;-
S	Phosphorylation	1385;-
S	Phosphorylation	1360;-
S	Phosphorylation	1353;-
S	Phosphorylation	1355;-
S	Phosphorylation	1356;-
S	Phosphorylation	90
T	Phosphorylation	237
S	Phosphorylation	241
S	Phosphorylation	1040
S	Phosphorylation	1096
S	Phosphorylation	1098
S	Phosphorylation	1100
S	Phosphorylation	1387
S	Phosphorylation	1396
S	Phosphorylation	1328
S	Phosphorylation	1384
S	Phosphorylation	1689
S	Phosphorylation	89
S	Phosphorylation	1699
S	Phosphorylation	1081
S	Phosphorylation	1622
T	Phosphorylation	1700
S	Phosphorylation	1671
S	Phosphorylation	1672
T	Phosphorylation	250
S	Phosphorylation	252
S	Phosphorylation	1102
S	Phosphorylation	92
S	Phosphorylation	215
S	Phosphorylation	216
S	Phosphorylation	398
S	Phosphorylation	1025
Y	Phosphorylation	1068
S	Phosphorylation	1085

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

Interactant Gene ID (Source: HPRD)	Gene Symbol	HPRD ID	Ref Seq ID	Technique	References
3065	HDAC1	3143	NP_004955.2	in vivo	12890497
9611	NCOR1	2911	NP_006302.2	in vitro;in vivo;yeast 2-hybrid	12890497

Pathway Information

No matching records could be found.

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
cd00079	802-910	HELICc
cl21455	802-910	P-loop_NTPase superfamily
cd00046	500-645	DEXDc
cl21455	500-645	P-loop_NTPase superfamily
cd00024	306-355	CHROMO
cl17459	306-355	CHROMO superfamily
cd00024	391-440	CHROMO
cl17459	391-440	CHROMO superfamily
pfam13907	1401-1500	DUF4208
cl16467	1401-1500	DUF4208 superfamily
smart00490	818-902	HELICc
pfam00271	822-902	Helicase_C
pfam00385	389-443	Chromo
smart00298	309-355	CHROMO
smart00298	391-445	CHROMO
pfam00385	309-355	Chromo
PHA03420	1590-1680	PHA03420
cl14724	1590-1680	PHA03420 superfamily
pfam00176	484-765	SNF2_N
PLN03142	464-1000	PLN03142
COG0553	480-938	HepA
smart00487	473-674	DEXDc
COG1061	477-925	SSL2
COG0513	771-902	SrmB
TIGR01642	1600-1709	U2AF_lg
pfam11496	718-929	HDA2-3
TIGR01642	1589-1657	U2AF_lg
TIGR03979	1628-1690	His_Ser_Rich
TIGR01642	1555-1678	U2AF_lg
TIGR01642	1552-1646	U2AF_lg
COG1111	802-976	MPH1

Ontology Information

HPRD ID	1870
Molecular Class	DNA binding protein
Molecular Function	Transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity (GO:0004714)
Biological Process	Cell communication (GO:0007154)

SNP Information

View SNP Geneview Report

Drug Information

Uniprot ID DrugBank ID Name Type
O14646 DB00445 Epirubicin SmallMoleculeDrug

External Links

ArrayExpress GO
ICGC GO
Cancer3D GO
COSMIC GO
NCG GO
TSGene GO
Tumor Gene Family of Databases GO
CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
RCDB GO

ArrayExpress	GO
ICGC	GO
Cancer3D	GO
COSMIC	GO
NCG	GO
TSGene	GO
Tumor Gene Family of Databases	GO
CCDB	GO
G2SBC	GO
Osteosarcoma Database	GO
RCDB	GO

Mechanism	Frameshift Mutation
Biomarker	-
Drug Target	-
Biological Process	Regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism

CoReCG

Search results:

General Information

Evidence Information

Gene Details

mRNA Information

CDS Information

Protein Information

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Enzyme Information

PPi Information

Pathway Information

Structure Information

Domain Information

Ontology Information

SNP Information

Drug Information

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