CoReCG

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General Information

Gene_Symbol	Gene_ID	Gene_Name	Chromosome	Alias
CLCA4	22802	Chloride channel, calcium activated, family member 4	1	CaCC; CaCC2

Evidence
Gene
mRNA
CDS
Protein
PTM
Enzyme
PPi
Pathway
Structural
Domain
Ontology
SNP
Drug
External Links

Evidence Information

Pubmed ID	Year	Sample Information	Techniques	Mechanism	Fold Change	Remark
22968445	2012	Cell line : - Source : Department of Pathology of Wrocaw Medical University. Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	Laser capture microdissection,FFPE-FASP,SAX fractionation,LC-MSMS,Label-free quantitation.	Down-regulation	0.052	-
23593331	2013	Cell line : - Source : Department of General Surgery, the 309th Hospital of PLA, Beijing, China. Sample Type : - No. of Sample : - Stage : -	-	Down-regulation	-	CLCA1 and CLCA4 expression were down-regulated significantly in CRC patients.

Gene Details

Chromosome: 1; NC_000001.10 (87012759..87046437)
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Gene Type	protein coding
Gene Family	-
Description	The protein encoded by this gene belongs to the calcium sensitive chloride conductance protein family. To date, all members of this gene family map to the same site on chromosome 1p31-p22 and share high degrees of homology in size, sequence and predicted structure, but differ significantly in their tissue distributions. Alternative splicing results in multiple transcript variants, only one of which is thought to be protein coding. [provided by RefSeq, Dec 2008]
Chromosome	1
Location	1p31-p22
Start	86547076
End	86580758
Strand	-
Gene Sequence	>gi\|568815597:86547076-86580758 Homo sapiens chromosome 1, GRCh38.p2 Primary Assembly TTGAACAAACCAACATTTGAGCCAGGAATAACTAGAGAGGAACAATGGGGTTATTCAGAGGTTTTGTTTT CCTCTTAGTTCTGTGCCTGCTGCACCAGTCAAATACTTCCTTCATTAAGCTGAATAATAATGGCTTTGAA GATATTGTCATTGTTATAGATCCTAGTGTGCCAGAAGATGAAAAAATAATTGAACAAATAGAGGTAAGAA CAAAATGGAATATCTTTCATTAATTTTTAGTTTTTTACTATTATTTTTAATTGACATATAATTGTACATA TTTATGGCATACAAAGTAGTATTTCTATACATGTATACAATTTGTAAAGATCAAATCAGGGTAATTAGCA TATTCAGCAACTCAAACATTTATCTTTGCATTGTGTCGGGAACATTATAATTATTCTCTTCTAGCTACTT TGAAATACACAACAGATTATCAGTAACTTTAATTTTCCTATTGTACTATCAAATACTAGAACTTATTCTG TCTACATAACTGTGCTTTTGTACACATTGACAAACTTCTCTTCATTTCCTTTCTCTCCCCTATCCTTTGC AGCCTCTAATAAGTATCATTCTACTCTCTATCTCCATAAGATACCCTGGTTTAGTTCCTGCATATGCATA AGAATATGTGGTATTTATCTCTCTGTGCCTGGCTTATTTCATTTAACATAATGTCCTCCATGCTCATCCA TGCTGCCACAAATGAAGCAATTTCATTTTTTTCAGTGACTAAGTAGTATTCATTTGTGTTTATATACCAC ACTTTATCCATTCATCTCTTGATGGACACTTAGGTTGACTTCACATCTTGGCCATCATGAATAGTGCTAC 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Length	3285

CDS Information

Location	join(45..203,12857..12997,13136..13283,16586..16694, 18199..18376,18727..18945,20349..20576,24002..24179, 25539..25645,27465..27680,28257..28524,30827..30997, 32279..32512,32867..33270)
CDS Sequence	>lcl\|NM_012128.3_cds_NP_036260.2_1 [gene=CLCA4] [protein=calcium-activated chloride channel regulator 4 precursor] [protein_id=NP_036260.2] [location=45..2804] ATGGGGTTATTCAGAGGTTTTGTTTTCCTCTTAGTTCTGTGCCTGCTGCACCAGTCAAATACTTCCTTCA TTAAGCTGAATAATAATGGCTTTGAAGATATTGTCATTGTTATAGATCCTAGTGTGCCAGAAGATGAAAA AATAATTGAACAAATAGAGGATATGGTGACTACAGCTTCTACGTACCTGTTTGAAGCCACAGAAAAAAGA TTTTTTTTCAAAAATGTATCTATATTAATTCCTGAGAATTGGAAGGAAAATCCTCAGTACAAAAGGCCAA AACATGAAAACCATAAACATGCTGATGTTATAGTTGCACCACCTACACTCCCAGGTAGAGATGAACCATA CACCAAGCAGTTCACAGAATGTGGAGAGAAAGGCGAATACATTCACTTCACCCCTGACCTTCTACTTGGA AAAAAACAAAATGAATATGGACCACCAGGCAAACTGTTTGTCCATGAGTGGGCTCACCTCCGGTGGGGAG TGTTTGATGAGTACAATGAAGATCAGCCTTTCTACCGTGCTAAGTCAAAAAAAATCGAAGCAACAAGGTG TTCCGCAGGTATCTCTGGTAGAAATAGAGTTTATAAGTGTCAAGGAGGCAGCTGTCTTAGTAGAGCATGC AGAATTGATTCTACAACAAAACTGTATGGAAAAGATTGTCAATTCTTTCCTGATAAAGTACAAACAGAAA AAGCATCCATAATGTTTATGCAAAGTATTGATTCTGTTGTTGAATTTTGTAACGAAAAAACCCATAATCA AGAAGCTCCAAGCCTACAAAACATAAAGTGCAATTTTAGAAGTACATGGGAGGTGATTAGCAATTCTGAG GATTTTAAAAACACCATACCCATGGTGACACCACCTCCTCCACCTGTCTTCTCATTGCTGAAGATCAGTC AAAGAATTGTGTGCTTAGTTCTTGATAAGTCTGGAAGCATGGGGGGTAAGGACCGCCTAAATCGAATGAA TCAAGCAGCAAAACATTTCCTGCTGCAGACTGTTGAAAATGGATCCTGGGTGGGGATGGTTCACTTTGAT AGTACTGCCACTATTGTAAATAAGCTAATCCAAATAAAAAGCAGTGATGAAAGAAACACACTCATGGCAG GATTACCTACATATCCTCTGGGAGGAACTTCCATCTGCTCTGGAATTAAATATGCATTTCAGGTGATTGG AGAGCTACATTCCCAACTCGATGGATCCGAAGTACTGCTGCTGACTGATGGGGAGGATAACACTGCAAGT TCTTGTATTGATGAAGTGAAACAAAGTGGGGCCATTGTTCATTTTATTGCTTTGGGAAGAGCTGCTGATG AAGCAGTAATAGAGATGAGCAAGATAACAGGAGGAAGTCATTTTTATGTTTCAGATGAAGCTCAGAACAA TGGCCTCATTGATGCTTTTGGGGCTCTTACATCAGGAAATACTGATCTCTCCCAGAAGTCCCTTCAGCTC GAAAGTAAGGGATTAACACTGAATAGTAATGCCTGGATGAACGACACTGTCATAATTGATAGTACAGTGG GAAAGGACACGTTCTTTCTCATCACATGGAACAGTCTGCCTCCCAGTATTTCTCTCTGGGATCCCAGTGG AACAATAATGGAAAATTTCACAGTGGATGCAACTTCCAAAATGGCCTATCTCAGTATTCCAGGAACTGCA AAGGTGGGCACTTGGGCATACAATCTTCAAGCCAAAGCGAACCCAGAAACATTAACTATTACAGTAACTT CTCGAGCAGCAAATTCTTCTGTGCCTCCAATCACAGTGAATGCTAAAATGAATAAGGACGTAAACAGTTT CCCCAGCCCAATGATTGTTTACGCAGAAATTCTACAAGGATATGTACCTGTTCTTGGAGCCAATGTGACT GCTTTCATTGAATCACAGAATGGACATACAGAAGTTTTGGAACTTTTGGATAATGGTGCAGGCGCTGATT CTTTCAAGAATGATGGAGTCTACTCCAGGTATTTTACAGCATATACAGAAAATGGCAGATATAGCTTAAA AGTTCGGGCTCATGGAGGAGCAAACACTGCCAGGCTAAAATTACGGCCTCCACTGAATAGAGCCGCGTAC ATACCAGGCTGGGTAGTGAACGGGGAAATTGAAGCAAACCCGCCAAGACCTGAAATTGATGAGGATACTC AGACCACCTTGGAGGATTTCAGCCGAACAGCATCCGGAGGTGCATTTGTGGTATCACAAGTCCCAAGCCT TCCCTTGCCTGACCAATACCCACCAAGTCAAATCACAGACCTTGATGCCACAGTTCATGAGGATAAGATT ATTCTTACATGGACAGCACCAGGAGATAATTTTGATGTTGGAAAAGTTCAACGTTATATCATAAGAATAA GTGCAAGTATTCTTGATCTAAGAGACAGTTTTGATGATGCTCTTCAAGTAAATACTACTGATCTGTCACC AAAGGAGGCCAACTCCAAGGAAAGCTTTGCATTTAAACCAGAAAATATCTCAGAAGAAAATGCAACCCAC ATATTTATTGCCATTAAAAGTATAGATAAAAGCAATTTGACATCAAAAGTATCCAACATTGCACAAGTAA CTTTGTTTATCCCTCAAGCAAATCCTGATGACATTGATCCTACACCTACTCCTACTCCTACTCCTACTCC TGATAAAAGTCATAATTCTGGAGTTAATATTTCTACGCTGGTATTGTCTGTGATTGGGTCTGTTGTAATT GTTAACTTTATTTTAAGTACCACCATTTGA Download Select all
CCDS ID	CCDS41355.1

Protein Information

Protein ID	NP_036260.2
Protein Name	Chloride channel, calcium activated, family member 4
Molecular Wt. (Da)	98892
Protein Sequence	>22802 MGLFRGFVFLLVLCLLHQSNTSFIKLNNNGFEDIVIVIDPSVPEDEKIIEQIEDMVTTASTYLF EATEKRFFFKNVSILIPENWKENPQYKRPKHENHKHADVIVAPPTLPGRDEPYTKQFTECGEKG EYIHFTPDLLLGKKQNEYGPPGKLFVHEWAHLRWGVFDEYNEDQPFYRAKSKKIEATRCSAGIS GRNRVYKCQGGSCLSRACRIDSTTKLYGKDCQFFPDKVQTEKASIMFMQSIDSVVEFCNEKTHN QEAPSLQNIKCNFRSTWEVISNSEDFKNTIPMVTPPPPPVFSLLKISQRIVCLVLDKSGSMGGK DRLNRMNQAAKHFLLQTVENGSWVGMVHFDSTATIVNKLIQIKSSDERNTLMAGLPTYPLGGTS ICSGIKYAFQVIGELHSQLDGSEVLLLTDGEDNTASSCIDEVKQSGAIVHFIALGRAADEAVIE MSKITGGSHFYVSDEAQNNGLIDAFGALTSGNTDLSQKSLQLESKGLTLNSNAWMNDTVIIDST VGKDTFFLITWNSLPPSISLWDPSGTIMENFTVDATSKMAYLSIPGTAKVGTWAYNLQAKANPE TLTITVTSRAANSSVPPITVNAKMNKDVNSFPSPMIVYAEILQGYVPVLGANVTAFIESQNGHT EVLELLDNGAGADSFKNDGVYSRYFTAYTENGRYSLKVRAHGGANTARLKLRPPLNRAAYIPGW VVNGEIEANPPRPEIDEDTQTTLEDFSRTASGGAFVVSQVPSLPLPDQYPPSQITDLDATVHED KIILTWTAPGDNFDVGKVQRYIIRISASILDLRDSFDDALQVNTTDLSPKEANSKESFAFKPEN ISEENATHIFIAIKSIDKSNLTSKVSNIAQVTLFIPQANPDDIDPTPTPTPTPTPDKSHNSGVN ISTLVLSVIGSVVIVNFILSTTI Download Select all
Length	919
Uniprot ID	P34910
Ensembl Protein ID	ENSP00000333779

Post-translational Modification Information (Source : HPRD)

Residue	Type	site
S	Phosphorylation	803

Enzyme Information

No matching records could be found.

PPi Information

(Click to view network : Source STRING) View

No matching records from HPRD source could be found.

Pathway Information

Pathway Name	Pathway ID
Pancreatic secretion	hsa04972
Renin secretion	hsa04924

Structure Information

No matching records could be found.

Domain Information

ID	Location	Description
cd00198	305-459	vWFA
cl00057	305-459	vWFA superfamily
pfam08434	1-262	CLCA_N
cl07163	1-262	CLCA_N superfamily
pfam09315	487-663	DUF1973
cl09605	487-663	DUF1973 superfamily
smart00327	307-465	VWA
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pfam00092	307-473	VWA
cd01465	308-465	vWA_subgroup
cd01466	306-460	vWA_C3HC4_type
cd01450	309-459	vWFA_subfamily_ECM
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cd01451	305-419	vWA_Magnesium_chelatase
cd01471	307-439	vWA_micronemal_protein
cd01467	307-464	vWA_BatA_type
cd01461	307-465	vWA_interalpha_trypsin_inhibitor
TIGR00868	1-862	hCaCC
TIGR03436	309-473	acidobact_VWFA
COG1240	307-417	ChlD
COG2425	306-439	ViaA

Ontology Information

HPRD ID	9306
Molecular Class	Voltage gated channel
Molecular Function	Transferase activity (GO:0016740)
Biological Process	Cell communication (GO:0007154); Signal transduction (GO:0007165)

SNP Information

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Drug Information

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External Links

ArrayExpress GO
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Cancer3D GO
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CCDB GO
G2SBC GO
Osteosarcoma Database GO
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